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    重庆时时彩走势分析图: 多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法.pdf

    摘要
    申请专利号:

    重庆时时彩单双窍门 www.4mum.com.cn CN201210576343.3

    申请日:

    2012.12.26

    公开号:

    CN103902847A

    公开日:

    2014.07.02

    当前法律状态:

    授权

    有效性:

    有权

    法律详情: 授权|||实质审查的生效IPC(主分类):G06F 19/10申请日:20121226|||公开
    IPC分类号: G06F19/10(2011.01)I 主分类号: G06F19/10
    申请人: 中国科学院深圳先进技术研究院
    发明人: 彭丰斌; 魏彦杰; 张慧玲
    地址: 518055 广东省深圳市南山区西丽大学城学苑大道1068号
    优先权:
    专利代理机构: 深圳市科进知识产权代理事务所(普通合伙) 44316 代理人: 宋鹰武
    PDF完整版下载: PDF下载
    法律状态
    申请(专利)号:

    CN201210576343.3

    授权公告号:

    ||||||

    法律状态公告日:

    2016.12.28|||2014.07.30|||2014.07.02

    法律状态类型:

    授权|||实质审查的生效|||公开

    摘要

    本发明涉及一种多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法,包括以下步骤,S1、选择蛋白质模型:二维整点HP模型;S2、确定能量函数;S3、搜索自由能最小的蛋白质二维构型:采用对等模式的MPI并行算法搜索能量最小的蛋白质所对应的二维结构的步骤为,本发明提供的多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法与现有技术相比,采用在多聚谷氨酰胺蛋白质构型群体中,构型个体的温度由该个体次序所决定,通过将较高的温度分配给较差的个体,使之更有可能向较好的个体变动;同时,使用降温因子加速收敛速度,采用并行方式可加快收敛速度。

    权利要求书

    权利要求书
    1.  一种多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法,其特征在于,包括以下步骤,
    S1、选择蛋白质模型:二维整点HP模型;
    S2、确定能量函数:
    E=Σi<jEσiσjΔ(ri-rj)+(m-n)A.]]>
    其中,σi表示肽链上第i个氨基酸残基,ri表示第i个氨基酸位置;A为一正整数;m、n为网格节点数;
    S3、搜索自由能最小的蛋白质二维构型:采用对等模式的MPI并行算法搜索能量最小的蛋白质所对应的二维结构的步骤为,
    S31、确定α,β以及Tref的值,每个进程随机产生个体i(i=0,…,N-1),并计算个体的能量函数Ei,初始化记录器;
    S32、建立通信,确定个体的次序值ri以及个体的温度Ti;
    S33、利用构型变动集进行随机变动,构建新的构型,并计算新的能量函数Enew,对t累加;
    S34、重复步骤S33,当迭代步数超过阈值,停止计算;否则,Tref=βTref,β为降温因子,返回步骤S32再次迭代。

    2.  根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述二维整点HP模型具体为,
    蛋白质链由两种类型的氨基酸的序列构成,分别是亲水氨基酸用P表示和疏水氨基酸用H表示,将每个氨基酸定义为一个节点,P用白球表示,H用黑球表示。

    3.  根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述步骤S2还包括根据蛋白质折叠过程中的HP模型的构型变动集。

    4.  根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述初始化记录器包括MCS步数记录器t=0,迭代步数记录器k=0.。

    5.  根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述步骤S32具体为,
    所有进程相互通信,根据每个个体i的能量函数决定个体的次序值ri,其中ri 可为1到N的整数值。并根据下式确定每个个体的温度:
    Ti=αN-riTref.]]>
    其中,α为分配因子(0<α<1)。

    6.  根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述步骤S32具体为,
    在每个进程中,对原来的二维构型利用构型变动集进行随机变动,构建新的构型,并计算新的能量函数Enew,同时根据Metropolis准则确定新构型被接受(即替换原来的构型)的概率:
    P(old&RightArrow;new)=min(1,e-(Enew-EoldTi)).]]>

    7.  根据权利要求1所述的分析方法,其特征在于,所述步骤S34中所述重复步骤次数为100次;并对迭代步数k赋值,k=k+1,当迭代步数k超过阈值,所述阈值为20,即kmax=20,停止计算。

    8.  根据权利要求7所述的分析方法,其特征在于,所述降温因子β取值为0.9。

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    谷氨酰胺 致病 机理 分析 方法
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