• 四川郎酒股份有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度环保奖 2019-05-13
  • 银保监会新规剑指大企业多头融资和过度融资 2019-05-12
  • 韩国再提4国联合申办世界杯 中国网友无视:我们自己来 2019-05-11
  • 中国人为什么一定要买房? 2019-05-11
  • 十九大精神进校园:风正扬帆当有为 勇做时代弄潮儿 2019-05-10
  • 粽叶飘香幸福邻里——廊坊市举办“我们的节日·端午”主题活动 2019-05-09
  • 太原设禁鸣路段 设备在测试中 2019-05-09
  • 拜耳医药保健有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度企业奖 2019-05-08
  • “港独”没出路!“梁天琦们”该醒醒了 2019-05-07
  • 陈卫平:中国文化内涵包含三方面 文化复兴表现在其中 2019-05-06
  • 人民日报客户端辟谣:“合成军装照”产品请放心使用 2019-05-05
  • 【十九大·理论新视野】为什么要“建设现代化经济体系”?   2019-05-04
  • 聚焦2017年乌鲁木齐市老城区改造提升工程 2019-05-04
  • 【专家谈】上合组织——构建区域命运共同体的有力实践者 2019-05-03
  • 【华商侃车NO.192】 亲!楼市火爆,别忘了买车位啊! 2019-05-03
    • / 9
    • 下载费用:20 金币  

    重庆时时彩新浪彩: 基于基因芯片数据和代谢网络测定癌症关键代谢酶的方法.pdf

    摘要
    申请专利号:

    重庆时时彩单双窍门 www.4mum.com.cn CN201210588060.0

    申请日:

    2012.12.30

    公开号:

    CN103902849A

    公开日:

    2014.07.02

    当前法律状态:

    授权

    有效性:

    有权

    法律详情: 授权|||实质审查的生效IPC(主分类):G06F 19/10申请日:20121230|||公开
    IPC分类号: G06F19/10(2011.01)I 主分类号: G06F19/10
    申请人: 复旦大学
    发明人: 田卫东; 陈靖琪
    地址: 200433 上海市杨浦区邯郸路220号
    优先权:
    专利代理机构: 上海元一成知识产权代理事务所(普通合伙) 31268 代理人: 吴桂琴
    PDF完整版下载: PDF下载
    法律状态
    申请(专利)号:

    CN201210588060.0

    授权公告号:

    ||||||

    法律状态公告日:

    2017.03.29|||2014.08.27|||2014.07.02

    法律状态类型:

    授权|||实质审查的生效|||公开

    摘要

    本发明属医学技术领域,涉及基于基因芯片数据和代谢网络测定癌症关键代谢酶的方法。本发明方法包括建立基因共表达网络、划分共表达网络为???、共表达网络性质和??榈陌┲⑻匾煨约扑愫徒⒚竿?、预测关键酶和代谢物。本发明方法可预测对于癌症代谢的关建酶,作为癌症治疗的药物候选靶点;每一个预测的癌症关键酶基因可对应到所涉及反应的代谢物,作为每种癌症的关键代谢物预测结果,该代谢物也可作为候选的药物设计基础代谢物;本方法能明显缩小实验搜寻的范围并加快靶点寻找进程,节约时间及费用,可用于筛选癌症及其他与代谢重调相关的复杂疾病的药物靶点,具有推广价值。

    权利要求书

    权利要求书
    1.  一种基于基因芯片数据和代谢网络测定癌症关键代谢酶的方法,其特征在于,其包括步骤:
    (1)选择具有人类癌症、正常样本对照的基因表达芯片数据,建立共表达网络;
    (2)将共表达网络划分为???,并鉴定??榈陌┲⑻匾煨?;
    (3)将共表达网络??橛肴死啻煌缯?,对代谢网络中的每个酶进行打分;
    (4)结合来自不同癌症、不同数据集的结果,给出高分酶作为预测结果。

    2.  如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤(1)中,建立基因共表达网络的步骤为,
    从GEO数据库www.ncbi.nlm.nih.gov/geo下载癌症的GDS数据,不纳入小于10个样本的数据集;所选取的数据集同时包括癌症样本和正常样本的组织的数据;实验所用的样本未经药物或其他刺激处理;
    首先,对数据进行如下预处理法:
    ①在一个数据集中,对于每一个基因,若对应探针的表达中位值有不少于80%为空缺值,则该基因被删除,不用于后续分析;
    ②对于每一种癌症,选取两个数据集共有的基因进行后续分析;
    ③对于每一个数据集,上述步骤之后留下的每一个基因,表达值取其对应的所有探针表达值的中位值;
    ④对于每一个数据集,做Qauntile标准化,使用R中limma包的normalizeQuantiles函数;
    ⑤对于每一个数据集,用KNN的方法补缺失值,使用R中impute包的impute.knn函数;
    ⑥将每一个数据集上表达值做log2转化;
    然后,依照基于表达相似度排序的构建基因共表达网络的方法,对每一个数据集建立一个共表达网络,其中,表达相似度使用皮尔森相关系数度量,对于每个基因,将其他所有基因与之的表达相关度进行排序,取前三个基因作为共表达的基因。

    3.  如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤(2)中,划分共表达网络为??榈牟街栉?
    采用Qcut对每一个共表达网络进行??榛?,所得的亚网络结构具有最优化的??槎萂odularity函数function(Q),且??槟诹颖人婊诖?;每一个数据集所划分为??楹?,只选取基因数不小于10个的??榻兄蟮姆治?。

    4.  如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤(3)中,共表达网络性质和??榈陌┲⑻匾煨约扑愕牟街栉?BR>对每一个数据集,计算其中连接度与对应点的个数,分别取log10底,画图,并计算线性回归r值,得到所建立的共表达网络的网络性质;
    其中,衡量一个??橛氚┲⒌南喙爻潭鹊牟街栉杭觳饷扛鲅局忻扛瞿?榛虮泶锏闹形恢?,根据该中位值区分癌症和正常样本的准确程度画ROC曲线,对每一个曲线得到一个AUC值,该面积范围是0~1;面积值越远离0.5,代表该??楸泶镏翟侥苷非职┲⒑驼Q?,则认定该??橛氚┲⒌墓叵到裘?;AUC小于0.5代表该??樵诎┲⒅邢碌?,AUC大于0.5代表该??樵诎┲⒅猩系?。

    5.  如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤(3)中,建立酶网络的步骤为:
    从KEGG数据库www.genome.jp/kegg/中下载人类的KEGG Makeup Language文件;所述KGML文件中包含代谢反应、对应的代谢物和酶、基因的信息;
    然后,根据人类代谢网络,建立一个酶网络;
    采用以下步骤去掉一部分代谢物:①统计代谢物所参与的反应数,去掉参与反应数大于18个的代谢物;②去掉只参与“Xenobiotics Biodegradation and Metabolism”中代谢反应的代谢物;
    用筛选的代谢物和反应构建酶网络;对于每一个酶A,若其参与反应的产物被另一个酶B用作反应底物,则A被连接到B,方向为A->B;酶网络的网络性质用R的bigraph包进行计算。

    6.  如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤(4)中,预测关键酶和代谢物的步骤为:
    将所述的人类酶网络对应到酶编码基因和共表达网络??橹泻?,对每一个数据集的每一个???,计算每一个酶基因与??槟诤湍?橥獾拿富蛟诿竿缰械牧邮?;若一个酶基因与??槟谄渌富蛟诖煌缰械牧邮鼵in大于基于总连接数Call的期待值,则该酶基因被认为是一个关键酶基因,采用下述打分公式衡量酶基因的重要程度:
    Sgene=|AR-0.5|*log2Cin/CallNin/Nall---(1)]]>
    在上述公式(1)中,AR为基因所在??榍职┲⒀竞驼Q镜腞OC曲线下面积(AUC-ROC),Cin是酶基因与??槟谄渌富虻脑诿竿缰械牧佣?,Call为酶基因与酶网络中存在于该数据集所有??橹械钠渌富虻牧佣?;Nin和Nall分别为在该??槟诘拿富蚴驮诟檬菁兴心?橹械拿富蚴?;
    若酶基因的连接数大于期待值,则该基因得到一个正分值,反之亦然;
    将同一种癌症的两个数据集所得到的酶的分值相加后进行排序;对每一种癌症选择分值较大的关键酶作为预测结果。

    7.  权利要求1所述的方法在筛选癌症药物靶点中的用途。

    8.  权利要求1所述的方法在筛选与代谢重调相关的药物靶点中的用途。

    关 键 词:
    基于 基因芯片 数据 代谢 网络 测定 癌症 关键 方法
      专利查询网所有资源均是用户自行上传分享,仅供网友学习交流,未经上传用户书面授权,请勿作他用。
    0条评论

    还可以输入200字符

    暂无评论,赶快抢占沙发吧。

    关于本文
    本文标题:基于基因芯片数据和代谢网络测定癌症关键代谢酶的方法.pdf
    链接地址://www.4mum.com.cn/p-6120773.html
    关于我们 - 网站声明 - 网站地图 - 资源地图 - 友情链接 - 网站客服客服 - 联系我们

    [email protected] 2017-2018 www.4mum.com.cn网站版权所有
    经营许可证编号:粤ICP备17046363号-1 
     


    收起
    展开
  • 四川郎酒股份有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度环保奖 2019-05-13
  • 银保监会新规剑指大企业多头融资和过度融资 2019-05-12
  • 韩国再提4国联合申办世界杯 中国网友无视:我们自己来 2019-05-11
  • 中国人为什么一定要买房? 2019-05-11
  • 十九大精神进校园:风正扬帆当有为 勇做时代弄潮儿 2019-05-10
  • 粽叶飘香幸福邻里——廊坊市举办“我们的节日·端午”主题活动 2019-05-09
  • 太原设禁鸣路段 设备在测试中 2019-05-09
  • 拜耳医药保健有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度企业奖 2019-05-08
  • “港独”没出路!“梁天琦们”该醒醒了 2019-05-07
  • 陈卫平:中国文化内涵包含三方面 文化复兴表现在其中 2019-05-06
  • 人民日报客户端辟谣:“合成军装照”产品请放心使用 2019-05-05
  • 【十九大·理论新视野】为什么要“建设现代化经济体系”?   2019-05-04
  • 聚焦2017年乌鲁木齐市老城区改造提升工程 2019-05-04
  • 【专家谈】上合组织——构建区域命运共同体的有力实践者 2019-05-03
  • 【华商侃车NO.192】 亲!楼市火爆,别忘了买车位啊! 2019-05-03