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    重庆时时彩预测组: 一种基于SNP芯片的综合基因组育种值估计方法及应用.pdf

    摘要
    申请专利号:

    重庆时时彩单双窍门 www.4mum.com.cn CN201410067189.6

    申请日:

    2014.02.26

    公开号:

    CN103914631A

    公开日:

    2014.07.09

    当前法律状态:

    驳回

    有效性:

    无权

    法律详情: 发明专利申请公布后的驳回IPC(主分类):G06F 19/24申请公布日:20140709|||实质审查的生效IPC(主分类):G06F 19/24申请日:20140226|||公开
    IPC分类号: G06F19/24(2011.01)I 主分类号: G06F19/24
    申请人: 中国农业大学
    发明人: 丁向东; 张勤; 李秀金; 王胜; 张哲; 王重龙; 黄菊; 李乐义
    地址: 100193 北京市海淀区圆明园西路2号
    优先权:
    专利代理机构: 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 代理人: 王文君
    PDF完整版下载: PDF下载
    法律状态
    申请(专利)号:

    CN201410067189.6

    授权公告号:

    ||||||

    法律状态公告日:

    2018.01.02|||2014.08.06|||2014.07.09

    法律状态类型:

    发明专利申请公布后的驳回|||实质审查的生效|||公开

    摘要

    本发明属于生物信息学技术领域,提供了一种基于SNP芯片的综合基因组育种值估计方法,步骤S1,获取数据文件,并对数据文件进行预处理,获得可靠的预处理数据;步骤S2,对步骤S1获得的预处理数据进行基因组育种值估计,利用GBLUP方法估计基因组育种值,或者利用贝叶斯方法估计基因组育种值,获得单个性状的个体基因组育种值;步骤S3,综合基因组育种值估计,重复步骤S2,获得多个性状的个体基因组育种值,计算综合基因组育种值。本方法整合了SNP芯片信息、系谱信息、表型信息,可对动物的育种选留做出判断,可推进基因组选择在国内动物育种领域的应用,可更好地发挥基因组选择在动物育种领域的优势。

    权利要求书

    权利要求书
    1.  一种基于SNP芯片的综合基因组育种值估计方法,其特征在于,所述方法包括:
    步骤S1,获取数据文件,并对所述数据文件进行预处理,获得可靠的预处理数据;
    步骤S2,对步骤S1获得的预处理数据进行基因组育种值估计,利用GBLUP方法估计基因组育种值,或者利用贝叶斯方法估计基因组育种值,获得单个性状的个体基因组育种值;
    步骤S3,综合基因组育种值估计,重复步骤S2,获得多个性状的个体基因组育种值,计算综合基因组育种值。

    2.  根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤S1包括:
    步骤S11,获取SNP芯片数据及预处理,包括SNP芯片数据读取、缺失基因型填充;
    步骤S12,获取系谱文件及预处理,向上追溯父母系谱5-10代;
    步骤S13,获取表型数据及预处理,筛选步骤S12中所述系谱文件中个体表型值。

    3.  根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述步骤S1具体包括:
    步骤S11,获取SNP芯片数据,并采用压缩格式存储文件以节省硬盘空间;所述缺失基因型填充利用Beagle程序将芯片基因型中存在缺失的SNP标记或个体进行填充,提高芯片基因型检测质量;
    步骤S12,根据所述步骤S11中SNP芯片数据个体,从系谱文件中筛选具有SNP芯片信息的个体,向上追溯父母系谱信息5-10代,根据SNP信息对系谱文件父母及后代亲缘关系进行亲子鉴定并根据亲子鉴定结果调整原始系谱文件,当原始系谱文件亲子关系与亲子鉴定结果不一致时,系谱文件按亲子鉴定结果重新编排,其中,系谱文件包含个体、母号、父号三个字段信息。

    4.  根据权利要求2或3所述的方法,其特征在于,步骤S11中,所述缺失基因型填充之后还包括基因型质量控制。

    5.  根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述基因型质量控制的质量控制参数为每个SNP标记检出率和最小等位基因频率、哈代-温伯格平衡检验、个体检出率。

    6.  根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤S2中,
    所述利用GBLUP方法估计基因组育种值,数据的选择分为仅选择基因组信息、或者选择基因组信息和仅具有SNP基因型个体的系谱信息、或者选择基因组信息和系谱信息;
    所述利用贝叶斯方法估计基因组育种值,数据选择仅基因组信息,通过马尔科夫链蒙特卡洛算法估计SNP芯片中每个SNP标记的效应。

    7.  根据权利要求6所述的方法,其特征在于,数据仅选择基因组信息利用GBLUP方法估计基因组育种值,根据SNP芯片数据文件和表型数据文件,建立参考群体和候选群体间基于分子信息的个体亲缘关系矩阵—G阵,并求逆,通过混合模型方程组求解候选群体的基因组育种值;
    数据选择基因组信息和剩余多基因信息利用GBLUP方法估计基因组育种值,建立参考群体和候选群体间基于分子信息的个体亲缘关系矩阵—G阵,并建立参考群体和候选群体个体间基于系谱信息的血缘关系矩阵—A阵,并对G阵和A阵求逆,通过混合模型方程组求解候选群体的基因组育种值;
    数据选择基因组信息和系谱信息利用GBLUP方法估计基因组育种值,根据参考群体和候选群体信息,增加有表型数据信息但无基因型信息的个体进入参考群体,扩大参考群体规模,建立参考群体和候选群体关系的亲缘关系矩阵—H阵,并求逆,通过混合模型方程组求解候选群体的基因组育种值。

    8.  根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤S3中,所述综合基因组育种值估计有两种方法:
    (1)不考虑系谱指数,将每个性状的经济加权值作为权重,加权生成综合基因组育种值,用于个体选择;
    或者,(2)考虑系谱指数,首先对单个性状,将个体系谱指数与其基因组育种值加权合并为一个新值作为该性状最终的基因组育种值,合并权重分别是该个体系谱指数和基因组育种值的可靠性,获得所有性状新的基因组育种值后,根据(1)所述计算综合基因组育种值。

    9.  根据权利要求1-8任一所述的方法在动物育种方面的应用。

    关 键 词:
    一种 基于 SNP 芯片 综合 基因组 育种 估计 方法 应用
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