• 四川郎酒股份有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度环保奖 2019-05-13
  • 银保监会新规剑指大企业多头融资和过度融资 2019-05-12
  • 韩国再提4国联合申办世界杯 中国网友无视:我们自己来 2019-05-11
  • 中国人为什么一定要买房? 2019-05-11
  • 十九大精神进校园:风正扬帆当有为 勇做时代弄潮儿 2019-05-10
  • 粽叶飘香幸福邻里——廊坊市举办“我们的节日·端午”主题活动 2019-05-09
  • 太原设禁鸣路段 设备在测试中 2019-05-09
  • 拜耳医药保健有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度企业奖 2019-05-08
  • “港独”没出路!“梁天琦们”该醒醒了 2019-05-07
  • 陈卫平:中国文化内涵包含三方面 文化复兴表现在其中 2019-05-06
  • 人民日报客户端辟谣:“合成军装照”产品请放心使用 2019-05-05
  • 【十九大·理论新视野】为什么要“建设现代化经济体系”?   2019-05-04
  • 聚焦2017年乌鲁木齐市老城区改造提升工程 2019-05-04
  • 【专家谈】上合组织——构建区域命运共同体的有力实践者 2019-05-03
  • 【华商侃车NO.192】 亲!楼市火爆,别忘了买车位啊! 2019-05-03
    • / 9
    • 下载费用:20 金币  

    重庆时时彩十位算法: 一种快速估计基因组育种值的方法和应用.pdf

    摘要
    申请专利号:

    重庆时时彩单双窍门 www.4mum.com.cn CN201410067415.0

    申请日:

    2014.02.26

    公开号:

    CN103914632A

    公开日:

    2014.07.09

    当前法律状态:

    驳回

    有效性:

    无权

    法律详情: 发明专利申请公布后的驳回IPC(主分类):G06F 19/24申请公布日:20140709|||实质审查的生效IPC(主分类):G06F 19/24申请日:20140226|||公开
    IPC分类号: G06F19/24(2011.01)I 主分类号: G06F19/24
    申请人: 中国农业大学
    发明人: 丁向东; 李秀金; 张勤; 王胜
    地址: 100193 北京市海淀区圆明园西路2号
    优先权:
    专利代理机构: 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 代理人: 王文君
    PDF完整版下载: PDF下载
    法律状态
    申请(专利)号:

    CN201410067415.0

    授权公告号:

    ||||||

    法律状态公告日:

    2017.11.07|||2014.08.06|||2014.07.09

    法律状态类型:

    发明专利申请公布后的驳回|||实质审查的生效|||公开

    摘要

    本发明属于生物信息学领域,提供了一种快速估计基因组育种值的方法,包括SNP芯片数据编辑;整理系谱文件;利用系谱信息构建A阵,从A阵中挑出具有SNP基因型的个体,根据个体间A阵元素构建子矩阵A22;利用高密度SNP芯片信息构建G阵,利用公共开源LAPACK数学库中DGEMM过程快速构建G阵;构建H矩阵,调用公共开源LAPACK数学库中DGETRF和DGETRI矩阵求逆子程序,快速求得A阵、A22阵以及G阵的逆矩阵,进而根据以上分块逆矩阵求解H逆矩阵;通过混合模型方程组求解个体的基因组育种值。本方法加快了利用综合系谱信息和基因组信息估计基因组育种值的计算速度,可推进基因组选择在动物育种领域的应用。

    权利要求书

    权利要求书
    1.  一种快速估计基因组育种值的方法,其特征在于,包括以下步骤,
    步骤S1,SNP芯片数据编辑;
    步骤S2,整理系谱文件;
    步骤S3,利用系谱信息构建亲缘关系矩阵-A阵,从A阵中挑出具有SNP基因型的个体,根据个体间A阵元素构建子矩阵A22;
    步骤S4,利用高密度SNP芯片信息构建基因组关系矩阵-G阵,利用公共开源LAPACK数学库中DGEMM过程快速构建G阵,所述G阵根据构建,每个SNP位点用1、2进行等位基因编码,pt代表第i个SNP第2个等位基因频率,z的行数代表个体数,z的列数代表所用的SNP位点数;
    步骤S5,构建H矩阵,包含基于系谱信息的矩阵A和基于基因组信息的矩阵G,调用公共开源LAPACK数学库中DGETRF和DGETRI矩阵求逆子程序,快速求得A阵、A22阵以及G阵的逆矩阵,进而根据以上分块逆矩阵,获得综合系谱信息和基因组信息的H逆矩阵;
    步骤S6,根据H矩阵,获取H矩阵中个体表型值;
    步骤S7,通过混合模型方程组求解个体的基因组育种值。

    2.  根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤S1具体包括以下步骤,
    步骤S11,SNP芯片数据读取,读取SNP芯片数据,并用压缩格式存储文件以节省硬盘空间;
    步骤S12,缺失基因型填充,利用Beagle程序将芯片基因型中存在缺失的SNP标记或个体进行填充,提高芯片基因型检测质量;
    步骤S13,质量控制,所述质量控制参数为每个SNP标记检出率和最小等位基因频率、哈代-温伯格平衡检验和/或个体检出率。

    3.  根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤S2中所述整 理系谱文件是根据SNP芯片数据个体,从整体系谱文件中挑出具有SNP芯片信息的个体,向上追溯父母系谱信息5-10代,并根据SNP信息对系谱文件父母及后代亲缘关系进行亲子鉴定并根据亲子鉴定结果调整原始系谱文件,主要表现为原始系谱文件亲子关系与亲子鉴定结果不一致时,系谱文件按亲子鉴定结果重新编排。

    4.  根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤S4还包括根据A矩阵校正G矩阵,生成新的矩阵G*,以使基于系谱信息的A矩阵和基于基因组信息的G阵尺度相同或接近,降低估计偏差。

    5.  根据权利要求1-4任一所述的方法在动物育种方面的应用。

    关 键 词:
    一种 快速 估计 基因组 育种 方法 应用
      专利查询网所有资源均是用户自行上传分享,仅供网友学习交流,未经上传用户书面授权,请勿作他用。
    0条评论

    还可以输入200字符

    暂无评论,赶快抢占沙发吧。

    关于本文
    本文标题:一种快速估计基因组育种值的方法和应用.pdf
    链接地址://www.4mum.com.cn/p-6115773.html
    关于我们 - 网站声明 - 网站地图 - 资源地图 - 友情链接 - 网站客服客服 - 联系我们

    [email protected] 2017-2018 www.4mum.com.cn网站版权所有
    经营许可证编号:粤ICP备17046363号-1 
     


    收起
    展开
  • 四川郎酒股份有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度环保奖 2019-05-13
  • 银保监会新规剑指大企业多头融资和过度融资 2019-05-12
  • 韩国再提4国联合申办世界杯 中国网友无视:我们自己来 2019-05-11
  • 中国人为什么一定要买房? 2019-05-11
  • 十九大精神进校园:风正扬帆当有为 勇做时代弄潮儿 2019-05-10
  • 粽叶飘香幸福邻里——廊坊市举办“我们的节日·端午”主题活动 2019-05-09
  • 太原设禁鸣路段 设备在测试中 2019-05-09
  • 拜耳医药保健有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度企业奖 2019-05-08
  • “港独”没出路!“梁天琦们”该醒醒了 2019-05-07
  • 陈卫平:中国文化内涵包含三方面 文化复兴表现在其中 2019-05-06
  • 人民日报客户端辟谣:“合成军装照”产品请放心使用 2019-05-05
  • 【十九大·理论新视野】为什么要“建设现代化经济体系”?   2019-05-04
  • 聚焦2017年乌鲁木齐市老城区改造提升工程 2019-05-04
  • 【专家谈】上合组织——构建区域命运共同体的有力实践者 2019-05-03
  • 【华商侃车NO.192】 亲!楼市火爆,别忘了买车位啊! 2019-05-03