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    重庆时时彩被骗怎么报警: 用于治疗肝细胞癌的生物标志物.pdf

    关 键 词:
    用于 治疗 肝细胞 生物 标志
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    摘要
    申请专利号:

    CN201380014334.8

    申请日:

    2013.01.11

    公开号:

    CN104737021A

    公开日:

    2015.06.24

    当前法律状态:

    撤回

    有效性:

    无权

    法律详情: 发明专利申请公布后的视为撤回IPC(主分类):G01N 33/574申请公布日:20150624|||实质审查的生效IPC(主分类):G01N 33/574申请日:20130111|||公开
    IPC分类号: G01N33/574 主分类号: G01N33/574
    申请人: 细胞基因公司; 罗得岛医院
    发明人: 米兰·金; 杰克·R·万兹; 莎拉·贝泽默
    地址: 美国新泽西州
    优先权: 61/586,672 2012.01.13 US
    专利代理机构: 北京安信方达知识产权代理有限公司11262 代理人: 王思琪; 郑霞
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    法律状态
    申请(专利)号:

    CN201380014334.8

    授权公告号:

    ||||||

    法律状态公告日:

    2017.04.26|||2015.07.22|||2015.06.24

    法律状态类型:

    发明专利申请公布后的视为撤回|||实质审查的生效|||公开

    摘要

    本发明提供的是针对肝细胞癌的生物标志物及其应用。

    权利要求书

    权利要求书
    1.  鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方 法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水 平,其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、 CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、 MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水 平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高 于所述生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反 应。

    2.  鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方 法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水 平,其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、 CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、 MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;和
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所 述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水 平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。

    3.  鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方 法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自 TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24 及其组合;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水 平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高 于所述生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反 应。

    4.  鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方 法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自 TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24 及其组合;和
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所 述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水 平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。

    5.  权利要求1-4中任一项的方法,其中所述肝细胞癌是分化较差的肝 细胞癌。

    6.  权利要求1-5中任一项的方法,其中所述生物标志物中仅一种的水 平被测量。

    7.  权利要求6的方法,其中所述生物标志物是TCF-4。

    8.  权利要求7的方法,其中所述生物标志物是hTCF-4。

    9.  权利要求6或8的方法,其中所述生物标志物是TCF-4的同等型。

    10.  权利要求9的方法,其中所述生物标志物是TCF-4A、TCF-4B、 TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、 TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M或TCF-4X。

    11.  权利要求9的方法,其中所述生物标志物是TCF-4C。

    12.  权利要求9的方法,其中所述生物标志物是TCF-4J。

    13.  权利要求9的方法,其中所述生物标志物是TCF-4L。

    14.  权利要求1-5中任一项的方法,其中所述生物标志物中的两种或两 种以上的水平同时被监测。

    15.  权利要求14的方法,其中所述生物标志物是WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、JAG1或其组合。

    16.  权利要求14的方法,其中所述生物标志物是CLDN2、ASPH、JAG1、 GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。

    17.  权利要求14的方法,其中所述生物标志物中的两种或两种以上选 自TCF-4、TCF-4同等型、TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、 TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、 TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24。

    18.  权利要求14的方法,其中所述生物标志物中的两种或两种以上选 自TCF-4、TCF-4同等型、TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、 TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、 TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12和JAG1。

    19.  权利要求14的方法,其中所述生物标志物中的两种或两种以上选 自TCF-4、TCF-4同等型、TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、 TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、 TCF-4X、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1和CAMK2N1。

    20.  权利要求14的方法,其中所述生物标志物中的两种或两种以上选 自TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12和JAG1。

    21.  权利要求14的方法,其中所述生物标志物中的两种或两种以上是 TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1和 CAMK2N1。

    22.  权利要求1的方法,其中所述生物标志物中的一种或多种的水平通 过测定所述生物标志物的mRNA水平来测量。

    23.  权利要求1的方法,其中所述生物标志物中的一种或多种的水平通 过测定所述生物标志物的cDNA水平来测量。

    24.  权利要求1的方法,其中所述生物标志物中的一种或多种的水平通 过测定所述生物标志物的蛋白质水平来测量。

    25.  权利要求1的方法,其中所述治疗化合物是沙利度胺、来那度胺、 泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立 体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合 物或多晶型物。

    26.  权利要求25的方法,其中所述治疗化合物是沙利度胺。

    27.  权利要求25的方法,其中所述治疗化合物是来那度胺。

    28.  权利要求25的方法,其中所述治疗化合物是泊马度胺。

    29.  权利要求25的方法,其中所述治疗化合物是3-(5-氨基-2-甲基-4- 氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的 盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。

    30.  预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方 法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水 平,其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、 CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、 MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水 平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对 所述化合物治疗的反应性增加相关。

    31.  预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方 法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水 平,其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、 CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、 MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品 中的所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物 的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。

    32.  预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方 法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自 TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24 及其组合;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水 平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对 所述化合物治疗的反应性增加相关。

    33.  预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方 法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自 TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24 及其组合;
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品 中的所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物 的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。

    说明书

    说明书用于治疗肝细胞癌的生物标志物
    1.发明领域
    本文提供的是针对肝细胞癌的生物标志物(biomarkers)及其应用。
    2.发明背景
    肝细胞癌(HCC),也称为恶性肝细胞瘤,是肝脏最常见的原发性恶性肿瘤, 占到原发性肝脏肿瘤的80–90%。HCC是全球最常见的灾难性的恶性疾病之一, 在世界范围内每年造成超过一百万人死亡(Parkin等人,CA Cancer J.Clin.1999, 49,33-64;Bruix等人,Cancer Cell 2004,5,215-219)。
    引起HCC发生的主要风险因素包括乙型或丙型肝炎的病毒性感染和酒精性 肝病(Rustgi,Gastroenterol.Clin.North Am.1987,16,545-551;Bosch等人,Semin. Liver Dis.1999,19,271-285;Bosch等人,Gastroenterology 2004,127,S5–S16; Moradpour等人,Eur.J.Gastro&Hepatol.2005,17,477–483;Koike等人,J. Gastroenterol.Hepatol.2008,23,S87-S91;de Oliveria Andrade,J.Glob.Infect.Dis. 2009,1,33-37)。在被乙型肝炎病毒(HBV)或丙型肝炎病毒(HCV)感染之后,HCC 最常见在肝硬化性肝脏中出现(Liaw,Semin.Liver Dis.2005,25,40-47;Koike  Clin.Gastroenterol.Hepatol.2005,3,132-135)。HCC与HBV感染相关,占到病 例的约50%(Liaw,Semin.Liver Dis.2005,25,40-47)。在日本,HCV感染是70% 的HCC病例的原因(Hasan等人,Hepatology,1990,12:589-591;El-Serag等人,N. Engl.J.Med.1999,340,745-750)。在最近几年,由于丙型肝炎病毒(HCV)感染的 扩散,HCC发病率在西方国家一直呈上升趋势(El-Serag,Hepatology 2002,36, S74-83;Trevisani等人,Carcinogenesis 2008,29,1299-1305)。
    肝细胞癌是一种全球性重要的疾病,现在还没有真正意义上的有效疗法, 特别是对于晚期疾病。因此,对辅助HCC治疗的生物标志物和预测HCC患者 对HCC治疗(例如化学疗法)的反应性的方法有需求。
    3.发明概述
    本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物(treatment compound)作出反应的 患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平, 其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24及其组合;和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    本文也提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝 细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平, 其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24及其组合;和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    本文另外还提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌 的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平, 其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24及其组合;和
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    本文进一步提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差 的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平, 其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24及其组合;和
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象 的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细 胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象 的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;和
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细 胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;和
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性 的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平, 其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24及其组合;和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合 物治疗的反应性增加相关。
    本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合 物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平, 其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24及其组合;和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合 物治疗的反应性增加相关。
    本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性 的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平, 其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24及其组合;
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的 所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增 加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合 物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平, 其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24及其组合;
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的 所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增 加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性 的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合 物治疗的反应性增加相关。
    本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合 物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合 物治疗的反应性增加相关。
    本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性 的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的 所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增 加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合 物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的 所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增 加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    本文提供的是监测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性 的方法,包括:
    a)从所述对象获得第一生物样品;
    b)测定第一样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;
    c)将所述化合物给予所述对象;
    d)此后从所述对象获得第二生物样品;
    e)测定第二样品中的所述生物标志物的水平,和
    f)比较第一和第二生物样品中的所述生物标志物的水平;其中第二生物样 品中的所述生物标志物的水平降低表明有效的反应。
    本文提供的是监测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合 物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得第一生物样品;
    b)测定第一样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;
    c)将所述化合物给予所述对象;
    d)此后从所述对象获得第二生物样品;
    e)测定第二样品中的所述生物标志物的水平,和
    f)比较第一和第二生物样品中的所述生物标志物的水平;其中第二生物样 品中的所述生物标志物的水平降低表明有效的反应。
    本文提供的是监测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的顺应性 的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;
    c)将所述生物标志物的水平与来自所述对象的未治疗的对照样品中的水平 进行比较;其中所述生物样品中的所述生物标志物的水平与对照中的水平相比 降低,表明所述对象对所述治疗的顺应性。
    本文提供的是监测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合 物的顺应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平,其中所述生物标志物选自TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合;
    c)将所述生物标志物的水平与来自所述对象的未治疗的对照样品中的水平 进行比较;其中所述生物样品中的所述生物标志物的水平与对照中的水平相比 降低,表明所述对象对所述治疗的顺应性。
    本文提供的是用于测定样品中的两种或两种以上生物标志物的水平的探针 阵列,即将探针阵列与所述生物标志物的多核苷酸中的一种或多种在严格性条 件下杂交,其中所述生物标志物各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、 AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24,其中所述生物标志物的水平用于筛 选用治疗化合物治疗肝细胞癌(例如,分化较差的肝细胞癌)的对象;用于预测或 监测对象对所述治疗的反应性;或监测对象对所述治疗的顺应性。
    本文提供的是用于测定样品中的两种或两种以上生物标志物的水平的探针 阵列,即将探针阵列与所述生物标志物的mRNA中的一种或多种在严格性条件 下杂交,其中所述生物标志物各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、 AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24,其中所述生物标志物的水平用于筛 选用治疗化合物治疗肝细胞癌(例如,分化较差的肝细胞癌)的对象;用于预测或 监测对象对所述治疗的反应性;或监测对象对所述治疗的顺应性。
    本文提供的是用于测定样品中的两种或两种以上生物标志物的水平的抗体 阵列,其中所述生物标志物各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、 AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24,其中所述生物标志物的水平用于筛 选用治疗化合物治疗肝细胞癌(例如,分化较差的肝细胞癌)的对象;用于预测或 监测对象对所述治疗的反应性;或监测对象对所述治疗的顺应性。
    本文提供的是包含两种或两种以上生物标志物的一组分离的生物标志物, 其各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1 、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1 、PLCD4、CD24。
    本文提供的是包含两种或两种以上生物标志物的一组分离的生物标志物, 其各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1 、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1 、PLCD4、CD24。
    本文提供的是包含TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的一组分离的生物标志物。
    本文提供的是用于测定来自对象的生物样品中的生物标志物的水平的试剂 盒,其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、 CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、 MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合。
    4.发明详述
    本文提供的方法、阵列、探针和试剂盒部分地基于以下发现:某一生物样 品中的某些分子(例如,mRNA、cDNA或蛋白质)的水平增加可以用作预测患有 或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的生物标志物,所述治疗化 合物例如沙利度胺(thalidomide)、来那度胺(lenalidomide)、泊马度胺 (pomalidomide)或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其 立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体(co-crystal)、笼 形包合物(clathrate)或多晶型物(polymorph)。
    在某些实施方案中,本文提供的方法基于来自患有或怀疑患有肝细胞癌的 对象的生物样品中的一种或多种生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水 平或对照的水平的比较。所述生物标志物水平用于确定或预测例如所述对象对 治疗化合物的反应性的可能性,所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊 马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构 体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型 物。
    4.1附图简述
    图1显示在HCC细胞系Focus和Hub7中,在用来那度胺(“LM”)治疗后, TCF-4转录因子-水平的变化。
    图2显示在HCC细胞系Focus和Hub7中,在用LM治疗后,细胞迁移的 变化。
    图3显示在分化良好的HAK-1A细胞系中,LM和3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代 -4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮(“化合物A”)对HCC细胞迁移和侵袭的影响。
    图4显示在分化较差的HAK-1B细胞系中,LM和化合物A对HCC细胞迁 移和侵袭的影响。
    图5显示在分化良好的FOCUS细胞系中,LM和化合物A对HCC细胞迁 移和侵袭的影响。
    图6显示在分化良好的HAK-1A细胞系中,使用伤口愈合实验(assay),LM 和化合物A对HCC细胞迁移的影响。
    图7显示在分化较差的FOCUS细胞系中,使用伤口愈合实验,LM和化合 物A对HCC细胞迁移的影响。
    图8显示在分化较差的HAK-1B细胞系中,使用伤口愈合实验,LM和化 合物A对HCC细胞迁移的影响。
    图9显示TCF-4同等型在HCC细胞系(Huh7)和非HCC细胞系(HEK 293) 中的TCF转录活性。
    图10显示TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L同等型在人HCC肿瘤组织中的表达 谱(expression profile)。
    图11A显示TCF-4J表达在人HCC细胞(HBV-相关(relatd)肿瘤和邻接肿瘤 周(adjacent peritumor))中的上调。
    图11B显示TCF-4J表达在人HCC细胞(HCV-相关(relatd)肿瘤)中的上调。
    图12显示异种移植的肿瘤在裸小鼠中的生长。
    图13显示在HCC细胞系中被上调的TCF-4J依赖性靶基因一览表。
    图14显示13个TCF-4J特异性靶基因在人HCCs中的上调。
    图15是3D柱状图,表示在肿瘤样品中按照测得的TCF-4J表达水平排序的 10个精选基因的表达水平,以显示在TCF-4J和靶基因表达之间的关系。
    图16显示在HCC细胞系Focus和Hub7中,在用LM治疗后,TCF-4同等 型表达的变化。
    图17显示化合物A对HCC细胞增殖没有影响。
    图18是HAK1A-J异种移植物模型(初步研究(pilot study))的图示说明,以研 究将LM和化合物A给予小鼠的效果。
    图19显示在HAK1A-J异种移植物模型中,根据肿瘤体积的缩小所测量, LM和化合物A的抗肿瘤效果(初步研究)。
    图20是HAK1A-J异种移植物模型的图示说明,以研究将LM和化合物A 给予小鼠的效果。
    图21显示在HAK1A-J异种移植物模型中,根据肿瘤体积的缩小所测量, LM和化合物A的抗肿瘤效果。
    图22显示在HAK1A-J异种移植物模型中,mRNA表达被LM和化合物A 降低。
    4.2定义
    术语“治疗”是指缓解或消除疾病(例如肝细胞癌)或与疾病相关的一个或多 个症状;或缓解或根除疾病本身的原因。
    术语化合物的“治疗有效量”是指当给予时足以防止待治疗疾病(例如肝细胞 癌)的一个或多个症状的发生或者在一定程度上减轻待治疗疾病(例如肝细胞癌) 的一个或多个症状的化合物的量。该术语也指由研究人员、兽医、内科医生或 临床医生所确定的足以引发生物分子(例如,蛋白质、酶、RNA或DNA)、细胞、 组织、系统、动物或人的生物反应或药物反应的化合物的量。此外,化合物的 治疗有效量意指治疗剂单用或与其它疗法联用时在疾病(例如肝细胞癌)的治疗 或处理中提供治疗益处的量。该术语包括改善整体疗法,降低或避免疾病(例如 肝细胞癌)的症状或原因,或者提高另一种治疗剂的疗效的量。
    术语“水平”是指生物标志物分子的量、累积或速率。水平可以例如用由基因 编码的信使RNA(mRNA)的量或合成速率,由基因编码的多肽或蛋白质的量或 合成速率,在细胞或生物液体中累积的生物分子的量或合成速率来表示。术语 “水平”是指在稳态或非稳态条件下确定的样品中分子的绝对量或者分子的相对 量。
    术语“反应性(responsiveness)”或“反应的(responsive)”当在涉及治疗中使用时 是指在减轻或减少待治疗疾病(例如肝细胞癌)的症状中的治疗有效性的程度。例 如,术语“增加的反应性”当在涉及细胞或对象的治疗中使用时是指当采用本领域 已知的任何方法测量时,在减轻或减少疾病的症状中的有效性增加。在某些实 施方案中,所述有效性增加为至少约5%、至少约10%、至少约20%、至少约 30%、至少约40%或至少约50%。
    术语“有效的患者反应(effective patient response)”是指在治疗疾病(例如肝细 胞癌)中,对患者的治疗益处增加。在某些实施方案中,所述增加为至少约5%、 至少约10%、至少约20%、至少约30%、至少约40%或至少约50%?!坝行У幕?者肿瘤反应”可以是在疾病的一个或多个身体症状或肿瘤大小方面有例如约5%、 约10%、约25%、约50%或约100%减少。
    术语“可能性(likelihood)”是指事件的概率增加。术语“可能性”当在涉及患者 对疾病(例如肝细胞癌)的治疗有反应的有效性中使用时考虑了疾病的症状将被 减轻或减少的概率增加。
    术语“预测”一般是指预先确定或告知。例如,当用于“预测”疾病(例如肝细 胞癌)的治疗的有效性时,术语“预测”可指治疗结果的可能性能够从一开始即在 治疗开始之前或者在治疗期已取得实质性进展之前就确定了。
    如本文所用的术语“多肽”、“蛋白质”或“肽”可互换使用,是指在一个系列阵 列(serial array)中两个以上的氨基酸通过一个或多个肽键相连接的多聚体。该术 语包括蛋白质、蛋白质片段、蛋白质类似物、寡肽和肽。多肽、蛋白质或肽的 氨基酸可以是天然存在的氨基酸或合成的氨基酸(例如,天然存在的氨基酸的模 拟物)。多肽、蛋白质或肽可以是合成制备的或者由生物样品纯化得到。多肽、 蛋白质或肽也包括修饰的多肽、蛋白质和肽,例如糖多肽、糖蛋白或糖肽;或 脂多肽、脂蛋白或脂肽。
    术语“抗体”是指特异性结合表位(例如抗原)的多肽。术语“抗体”在本文中以 最广泛的意义使用并且涵盖完全装配的抗体、保留了特异性结合抗原的能力的 抗体片段(例如,Fab、F(ab')2、Fv和其它片段)、单链抗体、双抗体(diabody)、 抗体嵌合体、杂合抗体、双特异性抗体和人源化抗体。术语“抗体”也包括多克隆 抗体和单克隆抗体。
    术语“表达”是指由基因转录得到RNA核酸分子,例如mRNA,其与该基因 的两条核酸链中的一条的区域至少有部分互补。如本文所用的术语“表达”也指由 RNA分子翻译得到蛋白质、多肽或其部分。
    被“上调”的mRNA一般是指mRNA在对给定治疗或给定条件响应时其表达 水平增加。被“下调”的mRNA一般是指mRNA在对给定治疗或给定条件响应时 其表达水平“减少”。在一些情况下,mRNA水平可以在给定治疗或给定条件下 保持不变。来自患者样品的mRNA可以被“上调”,即mRNA的水平可以是相对 于比较对照mRNA水平或参考水平增加例如约5%、约10%、约20%、约30%、 约40%、约50%、约60%、约70%、约90%、约100%、约200%、约300%、 约500%、约1,000%、约5,000%或更高??裳〉?,mRNA可以被“下调”,即mRNA 的水平可以是相对于比较对照mRNA水平或参考水平减少例如约99%、约95%、 约90%、约80%、约70%、约60%、约50%、约40%、约30%、约20%、约10%、 约5%、约2%、约1%或更低。
    同样,来自患者样品的多肽、蛋白质或肽的水平可以是与对照水平或参考 水平相比增加。这种增加可以是相对于比较对照蛋白质水平或参考水平增加约 5%、约10%、约20%、约30%、约40%、约50%、约60%、约70%、约90%、 约100%、约200%、约300%、约500%、约1,000%、约5,000%或更高??裳?地,蛋白质生物标志物的水平可以被减少。这种减少可以是例如以比较对照蛋 白质水平或参考水平的约99%、约95%、约90%、约80%、约70%、约60%、 约50%、约40%、约30%、约20%、约10%、约5%、约2%、约1%或更低的 水平存在。
    术语“测定”、“测量”、“评价”、“评估”和“测试”在本文中可互换使用,是指 一种测量形式,包括确定元素存在与否。测量可以是定量和/或定性测定?!捌?估……的存在”可包括测定所存在的某物的量以及测定它是存在还是不存在。
    术语“核酸”和“多核苷酸”在本文中可互换使用,是指核苷酸(例如脱氧核糖 核苷酸或核糖核苷酸)的多聚体或化合物,其可与天然存在的核酸以序列特异性 方式杂交,这些杂交方式类似于两条天然存在的核酸,例如参与沃森-克里克 (Watson-Crick)碱基配对相互作用。如本文所用的,在多核苷酸序列的情形下, 术语“碱基”是“核苷酸”的同义词,即多核苷酸的单体亚单元(monomer subunit)。 术语“核苷”和“核苷酸”意欲包括不仅含有已知的嘌呤和嘧啶碱基而且含有已经 过修饰的其它杂环碱基的那些部分。这样的修饰包括甲基化的嘌呤或嘧啶、酰 基化的嘌呤或嘧啶、烷基化的核糖或其它杂环。另外,术语“核苷”和“核苷酸” 包括不仅含有常见的核糖和脱氧核糖而且含有其它糖的那些部分。修饰的核苷 或核苷酸也包括糖部分上的修饰,例如,其中一个或多个羟基被卤原子或脂族 基团置换,或者官能化为醚类、胺类等。术语“核酸”或“多核苷酸”的“类似物” 是指这样的分子:其具有在文献中被公认是模拟物、衍生物的结构特征,具有 类似结构或诸如此类的术语,并且包括例如掺入了非天然核苷酸的多核苷酸、 核苷酸模拟物例如2'-修饰的核苷、肽核酸、寡聚核苷磷酸酯及添加了取代基基 团(例如?;せ蛄硬糠?的任何多核苷酸。
    术语“互补”是指基于多核苷酸的序列,在多核苷酸之间的特异性结合。如本 文所用的,如果第一个多核苷酸和第二个多核苷酸在杂交试验中在严格性条件 下彼此相结合,例如,如果它们在杂交试验中产生给定水平或可检测水平的信 号,那么这两条多核苷酸是互补的。如果多核苷酸的某些部分遵循常规的碱基 配对法则(例如,A与T(或U)配对,G与C配对),那么多核苷酸的这些部分是 彼此互补的,尽管可能存在小区域(例如少于约3个碱基)的错配、插入或缺失序 列。
    术语“序列同一性”或“同一性”在两个核酸序列的情形下是指在规定比较窗 之内比对最大一致性(maximum correspondence)时在两个序列中是相同的残基, 并且可考虑到添加、缺失和取代。
    术语“基本同一性”或“同源的”以它们的各种语法形式在多核苷酸的情形下 一般是指与参考序列相比,多核苷酸包含具有所需同一性例如至少60%、至少 70%、至少80%、至少90%和至少95%序列同一性的序列。核苷酸序列具有基 本同一性的另一个指标是两个分子在严格性条件下是否彼此杂交。
    如本文所用的,术语“结合”在本文中可用于表示直接或间接连接。就化学结 构而言,“结合”(或“键合”)可以指存在直接连接两个部分或间接连接两个部分 (例如,通过连接基团或分子的任何其它的间插部分)的化学键?;Ъ梢允枪?价键、离子键、配位络合物、氢键、范德华相互作用或疏水堆积作用,或者可 表现出多种类型的化学键的特征。在某些情况下,“结合”包括连接是直接的实施 方案,也包括连接是间接的实施方案。
    术语“分离的”和“纯化的”是指物质(例如mRNA或蛋白质)的分离,使得该物 质包含它在其中存在的样品的实质部分,即大于该物质通常以其天然状态或未 分离状态存在的情况。典型地,样品的实质部分占到样品的例如大于约1%、大 于约2%、大于约5%、大于约10%、大于约20%、大于约50%或更高,通常高 达约90%至100%。例如,分离的mRNA样品可典型地包含至少约1%总mRNA。 多核苷酸的纯化技术是本领域众所周知的,包括例如凝胶电泳、离子交换、层 析法、亲和层析法、流式分选术和根据密度沉降。
    如本文所用的术语“生物样品”是指从生物学对象获得的样品,包括生物组 织或液体来源的样品,在体内(in vivo)或原位(in situ)获得的、触及的或采集的。 生物样品也包括来自含有癌症前期或癌症的细胞或组织的生物学对象的某个部 位的样品。这样的样品可以是但不限于从哺乳动物分离的器官、组织、碎片 (fractions)和细胞。示例性的生物样品包括但不限于细胞裂解物、细胞培养物、 细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物液体、血液样品、 尿液样品、皮肤样品等。在某些实施方案中,生物样品包括但不限于全血、部 分纯化的血液、PBMCs、组织活检样品等。
    如本文所用的术语“被分析物(analyte)”是指样品的已知或未知组分。
    如本文所用的术语“捕获剂(capture agent)”是指通过相互作用结合mRNA或 蛋白质的试剂,这种相互作用足以容许该试剂结合并浓缩均质混合物中的 mRNA或蛋白质。
    如本文所用的术语“探针”是指针对特异性靶mRNA生物标志物序列的捕获 剂。因此,探针组中的每一种探针都具有相应的靶mRNA生物标志物。探针/ 靶mRNA双链体是一种由探针与其靶mRNA生物标志物杂交形成的结构。
    术语“核酸探针”或“寡核苷酸探针”是指能够通过一种或多种类型的化学键, 经常通过互补碱基配对,经常通过氢键形成而与互补序列的靶核酸(例如本文提 供的mRNA生物标志物)结合的核酸。如本文所用的,探针可包括天然碱基(例 如A、G、C或T)或修饰碱基(7-脱氮鸟苷、肌苷等)。另外,探针中的碱基可以 通过除磷酸二酯键以外的键相连,只要它不干扰杂交即可。本领域技术人员应 当理解,根据杂交条件的严格性,探针可结合与探针序列缺乏完全互补性的靶 序列。探针优选地用同位素例如发色团(chromophores)、发光团(lumiphores)、生 色团(chromogens)直接标记或者用可以后来与链霉抗生物素蛋白复合物结合的 生物素间接标记。通过测试探针的存在与否,可以检测感兴趣的靶mRNA生物 标志物的存在与否。
    术语“严格性试验条件(stringent assay conditions)”是指在试验中与产生其互 补性足以提供所需特异性水平的核酸的结合对(例如探针和靶mRNA)相匹配而 与在其互补性不足以提供所需特异性的结合成员之间形成结合对一般不匹配的 条件。术语“严格性试验条件”一般是指杂交条件和洗涤条件的组合。
    “标记(label)”或“可检测部分”在涉及核酸时是指这样一种组成:当与核酸相 连时,使得核酸可检测,例如通过分光光度、光化学、生物化学、免疫化学或 化学等手段。示例性的标记包括但不限于放射性同位素、磁珠、金属珠、胶体 颗粒、荧光染料、酶、生物素、地高辛(digoxigenin)、半抗原等?!氨昙堑暮怂峄?寡核苷酸探针”一般是指其与标记或通过接头(linker)或化学键共价结合或通过 离子键、范德华力、静电吸引、疏水性相互作用或氢键非共价结合,使得核酸 或探针的存在可以通过检测与该核酸或探针结合的标记的存在进行检测。
    如本文所用的术语“聚合酶链式反应”或“PCR”一般是指其中少量核酸(RNA 和/或DNA)被扩增的一种程序,例如,如在Mullis的美国专利第4,683,195号中 所描述的。一般而言,来自感兴趣的区域末端或末端以外的序列信息必需是可 获得的,使得寡核苷酸引物可以被设计出来;这些引物与待扩增模板的相反链 在序列上完全相同或相似。两个引物的5'端核苷酸可以与扩增后的材料的末端 相重合??梢允褂肞CR扩增特异性RNA序列、来自总基因组DNA的特异性 DNA序列和由总细胞RNA转录的cDNA、噬菌体或质粒序列等等。一般参见 Mullis等人,Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.,51:263(1987);Erlich编著, PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)。
    术语“循环数(cycle number)”或“CT”当在本文中涉及PCR方法中使用时,是 指在荧光水平通过了给定组阈值水平的PCR循环数。CT测量值可用于例如估 计原始样品中mRNA的水平。CT测量值经常用于“dCT”或“CT中的差异”分值 等术语之中,当一个核酸的CT从另一个核酸的CT中被减去时。
    术语“约”或“近似”意指由本领域的普通技术人员确定的特定值的可接受的 误差,这部分地取决于该数值是如何测量或确定的。在某些实施方案中,术语“约” 或“近似”意指在1、2、3或4个标准偏差以内。在某些实施方案中,术语“约” 或“近似”意指在给定值或给定范围的50%、20%、15%、10%、9%、8%、7%、 6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%或0.05%以内。
    术语“TCF”或“T-细胞因子”是指TCF/LEF家族蛋白的成员或其变异体。术 语“TCF变异体”意欲包括与天然TCF基本上同源的蛋白质,即与天然TCF的氨 基酸序列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代 的蛋白质(例如,TCF衍生物、同源物和片段)。TCF变异体的氨基酸序列与天然 TCF有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约95%同一性。TCF/LEF 家族蛋白的实例包括但不限于TCF-1(TCF7)、LEF-1、TCF-3(TCF7L1)和TCF-4 (TCF7L2)。人TCF-4包括hTCF-4A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、 hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M 和hTCF-4X。TCF-4也指在人类中由TCF7L2基因或基因6934编码的蛋白质 (Castrop等人,Nucleic Acids Res.1992,20,611,其公开内容通过引用其全部结合 到本文中)。
    术语“WISP2”或“WNT1可诱导性信号传导途径蛋白2”是指在人类中由 WISP2基因编码的蛋白质或其变异体。参见Pennica等人,Proc.Natl.Acad.Sci. USA 1999,95,14717–14722,其公开内容通过引用其全部结合到本文中。术语 “WISP2变异体”意欲包括与天然WISP2基本上同源的蛋白质,即与天然WISP2 的氨基酸序列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或 取代的蛋白质(例如,WISP2衍生物、同源物和片段)。WISP2变异体的氨基酸 序列与天然WISP2有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约95%同一 性。
    术语“ASPH”或“天冬氨酰/天冬酰胺酰β-羟化酶”是指在人类中由ASPH基因 编码的酶或其变异体。参见Korioth等人,Gene 1995,150,295-299;和Lim等人, Gene 2000,255,35-42,其公开内容分别通过引用其全部结合到本文中。术语 “ASPH变异体”意欲包括与天然ASPH基本上同源的蛋白质,即与天然ASPH的 氨基酸序列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取 代的蛋白质(例如,ASPH衍生物、同源物和片段)。ASPH变异体的氨基酸序列 与天然ASPH有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“IRS1”或“胰岛素受体底物1”是指在人类中由ISR-1基因编码的蛋白质 或其变异体。参见Sun等人,Nature 1991,352,73-77;其公开内容通过引用其全 部结合到本文中。术语“IRS1变异体”意欲包括与天然IRS1基本上同源的蛋白质, 即与天然IRS1的氨基酸序列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸 缺失、插入或取代的蛋白质(例如,IRS1衍生物、同源物和片段)。IRS1变异体 的氨基酸序列与天然IRS1有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约 95%同一性。
    术语“MAPK12”或“促分裂原活化蛋白激酶12”,也称为细胞外信号调节激酶 6(ERK6)或应激活化蛋白激酶3(SAPK3),是指在人类中由MAPK12基因编码 的酶或其变异体。术语“MAPK12变异体”意欲包括与天然MAPK12基本上同源 的蛋白质,即与天然MAPK12的氨基酸序列相比,具有一个或多个天然或非天 然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如,MAPK12衍生物、同源物和 片段)。MAPK12变异体的氨基酸序列与天然MAPK12有至少约80%同一性、 至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“JAG1”是指Jagged-1蛋白或其变异体。术语“JAG1变异体”意欲包括与 天然JAG1基本上同源的蛋白质,即与天然JAG1的氨基酸序列相比,具有一个 或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如,JAG1衍生 物、同源物和片段)。JAG1变异体的氨基酸序列与天然JAG1有至少约80%同一 性、至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“CLDN2”或“紧密蛋白2(claudin 2)”是指在人类中由CLDN2基因编码 的蛋白质或其变异体。已知CLDN2降低上皮屏障的紧密性。在表达Wnt-1的小 鼠乳腺上皮C57细胞中,LEF-1和TCF-4与CLDN2启动子结合并增加CLDN2 表达。(Mankertz等人,Biochem Biophys Res Commun 2004;314:1001-7)。CLDN2 在结肠直肠癌中过量表达(Kinugasa等人,Anticancer Res 2007;27:3729-34),并增 加结肠癌细胞的致肿瘤性。术语“CLDN2变异体”意欲包括与天然CLDN2基本 上同源的蛋白质,即与天然CLDN2的氨基酸序列相比,具有一个或多个天然或 非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如,CLDN2衍生物、同源物 和片段)。CLDN2变异体的氨基酸序列与天然CLDN2有至少约80%同一性、至 少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“STK17B”或“丝氨酸/苏氨酸激酶17b”是指在人类中由STK17B基因编 码的酶或其变异体。据报道,DAP激酶相关凋亡诱导激酶2和STK17B诱导细 胞凋亡。(Sanjo等人,J Biol Chem 1998;273:29066-71)。术语“STK17B变异体” 意欲包括与天然STK17B基本上同源的蛋白质,即与天然STK17B的氨基酸序 列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白 质(例如,STK17B衍生物、同源物和片段)。STK17B变异体的氨基酸序列与天 然STK17B有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“SPP1”或“分泌型磷酸蛋白1”是指在人类中由SPP1基因编码的蛋白质 或其变异体。SPP1编码骨桥蛋白(osteopontin)(OPN)。SPP1已知在骨重塑 (remodeling)、抗凋亡、细胞粘附和细胞迁移中起作用。SPP1是在大鼠乳腺上皮 细胞系中(El-Tanani等人,Cancer Res 2001;61:5619-29)和在乳腺癌细胞系中 TCF-4的一个下游靶基因。OPN在结肠癌、胃癌、肺癌、乳腺癌、HCC、膀胱 癌、前列腺癌、卵巢癌、甲状腺癌和黑色素瘤中过量表达。OPN过量表达与HCC 细胞系的转移潜在性和与HCC患者的预后差明显相关。据报道,OPN血浆水平 在HCC患者中升高。尤其是,OPN的敏感性被认为高于其它标志物的敏感性。 术语“SPP1变异体”意欲包括与天然SPP1基本上同源的蛋白质,即与天然SPP1 的氨基酸序列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或 取代的蛋白质(例如,SPP1衍生物、同源物和片段)。SPP1变异体的氨基酸序列 与天然SPP1有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“AXIN2”是指在人类中由AXIN2基因编码的蛋白质或其变异体。 AXIN2是β-联蛋白破坏复合物的一个成员。AXIN2已知是人结肠癌中的一个下 游靶基因(Jho等人,Mol Cell Biol 2002;22:1172-83),其通过负反馈环(negative feedback loop)控制Wnt信号。据报道,HCC中的AXIN2突变约为2.7%和37.5%。 术语“AXIN2变异体”意欲包括与天然AXIN2基本上同源的蛋白质,即与天然 AXIN2的氨基酸序列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、 插入或取代的蛋白质(例如,AXIN2衍生物、同源物和片段)。AXIN2变异体的 氨基酸序列与天然AXIN2有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约 95%同一性。
    术语“MMP7”或“基质金属肽酶7”是指在人类中由MMP7基因编码的蛋白质 或其变异体。MMP7已知降解基底膜的组分(例如,层粘连蛋白(laminin)、IV型 胶原蛋白和巢蛋白(entactin))。MMP7已知是结肠直肠癌中的一个下游靶基因。 (Schmalhofer等人,Methods Mol Biol 2008;468:111-28)。MMP7可以在食管癌、 结肠直肠癌、胃癌、HCC、胰腺癌、肾细胞癌和前列腺癌中过量表达。术语“MMP7 变异体”意欲包括与天然MMP7基本上同源的蛋白质,即与天然MMP7的氨基 酸序列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的 蛋白质(例如,MMP7衍生物、同源物和片段)。MMP7变异体的氨基酸序列与天 然MMP7有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“CADM1”或“细胞粘附分子1”是指在人类中由CADM1基因编码的蛋 白质或其变异体。CADM1已知是肺癌中的肿瘤阻抑物(suppressor)1。据报道, CADM1介导细胞内粘附。CADM1作为肿瘤抑制基因发挥功能,并且在肺癌、 HCC和胰腺癌中可被下调。(Kuramochi等人,Nat Genet 2001;27:427-30)。术语 “CADM1变异体”意欲包括与天然CADM1基本上同源的蛋白质,即与天然 CADM1的氨基酸序列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、 插入或取代的蛋白质(例如,CADM1衍生物、同源物和片段)。CADM1变异体 的氨基酸序列与天然CADM1有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少 约95%同一性。
    术语“ANXA1”或“膜联蛋白A1”是指在人类中由ANXA1基因编码的蛋白质 或其变异体。Ca-依赖性磷脂-结合蛋白的成员ANXA1过量表达已知在乳腺癌细 胞中通过NF-κB活化增强转移?;褂斜ǖ乐赋?,NXA1在A非癌细胞中通过 ERK1/2MAPK信号传导抑制细胞周期蛋白D1来调节细胞增殖。(Alldridge等人, Exp Cell Res 2003;290:93-107)。术语“ANXA1变异体”意欲包括与天然ANXA1 基本上同源的蛋白质,即与天然ANXA1的氨基酸序列相比,具有一个或多个天 然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如,ANXA1衍生物、 同源物和片段)。ANXA1变异体的氨基酸序列与天然ANXA1有至少约80%同 一性、至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“CAMK2N1”或“钙/钙调蛋白-依赖性蛋白激酶抑制剂I”是指在人类中 由CAMK2N1基因编码的蛋白质或其变异体。CAMK2N1是CAMK2N家族的 一个成员并且潜在地可能是前列腺癌的生物标志物。术语“CAMK2N1变异体” 意欲包括与天然CAMK2N1基本上同源的蛋白质,即与天然CAMK2N1的氨基 酸序列相比,具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的 蛋白质(例如,CAMK2N1衍生物、同源物和片段)。CAMK2N1变异体的氨基酸 序列与天然CAMK2N1有至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约95% 同一性。
    术语“PLCD4”或“磷脂酶C,δ4”是指在人类中由PLCD4基因编码的蛋白质或 其变异体。有报道指出,PLCD4过量表达上调乳腺癌细胞中的ErbB1/2表达、 ERK信号传导途径和增殖。(Leung等人,Mol Cancer 2004;3:15)。PCLD4已知 在再生中的肝脏中而不是在正常休息的肝脏中和在肿瘤细胞例如肝细胞瘤中过 量表达。(Liu等人,J Biol Chem 1996;271:355-60)。术语“PLCD4变异体”意欲包 括与天然PLCD4基本上同源的蛋白质,即与天然PLCD4的氨基酸序列相比, 具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如, PLCD4衍生物、同源物和片段)。PLCD4变异体的氨基酸序列与天然PLCD4有 至少约80%同一性、至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“GPR56”或“G蛋白-偶联受体56”是指在人类中由GPR56基因编码的蛋 白质或其变异体。GPR56属于孤儿G-蛋白偶联受体(GPR)家族。已知GPR56抑 制黑色素瘤肿瘤生长和转移。(Xu,Adv Exp Med Biol 2010;706:98-108)。有报道 指出,与正常组织相比,GPR56在肿瘤组织中被上调,并且在食管癌中与结节 (nodal)转移和肿瘤侵袭明显相关。术语“GPR56变异体”意欲包括与天然GPR56 基本上同源的蛋白质,即与天然GPR56的氨基酸序列相比,具有一个或多个天 然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如,GPR56衍生物、同 源物和片段)。GPR56变异体的氨基酸序列与天然GPR56有至少约80%同一性、 至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    术语“CD24”是指在大多数B淋巴细胞和分化中的神经母细胞的表面表达的 糖蛋白。CD24是乳腺癌中的一个下游靶基因。(Shulewitz等人,Oncogene 2006;25: 4361-9)。CD24已知与抗凋亡、肿瘤生长和转移相关,并且在B-细胞淋巴瘤、 肾细胞癌、肺癌、HCC、胰腺癌和结肠直肠癌中被上调。术语“CD24变异体”意 欲包括与天然CD24基本上同源的蛋白质,即与天然CD24的氨基酸序列相比, 具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如, CD24衍生物、同源物和片段)。CD24变异体的氨基酸序列与天然CD24有至少 约80%同一性、至少约90%同一性或至少约95%同一性。
    除非另有说明,否则本文提供的实施方案的实践将采用分子生物学、微生 物学和免疫学的常规技术,这些技术都在本领域工作的人员的技能之内。这些 技术在文献中有详尽解释。特别合适的供查阅的教科书的实例包括如下: Sambrook等人,Molecular Cloning;A Laboratory Manual(第2版),1989;Glover 编著,DNA Cloning,第I卷和第II卷,1985;Gait编著,Oligonucleotide Synthesis, 1984;Hames和Higgins编著,Nucleic Acid Hybridization,1984;Hames和Higgins 编著,Transcription and Translation,1984;Freshney编著,Animal Cell Culture, 1986;Immobilized Cells and Enzymes,IRL Press,1986;Immunochemical Methods in  Cell and Molecular Biology(Academic Press,London);Scopes,Protein Purification: Principles and Practice(第2版;Springer Verlag,N.Y.),1987;和Weir和Blackwell 编著,Handbook of Experimental Immunology,第I-IV卷,1986。
    4.3生物标志物
    生物学标志物(biological marker)或“生物标志物(biomarker)”是一种物质,其 变化和/或检测表明特定生物学状态例如疾病(例如肝细胞癌)对给定治疗(例如用 治疗化合物治疗)的反应性,所述治疗化合物例如沙利度胺(thalidomide)、来那度 胺(lenalidomide)、泊马度胺(pomalidomide)或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉 -3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、 共晶体(co-crystal)、笼形包合物(clathrate)或多晶型物(polymorph)。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是T-细胞因子(TCF)或其变异体。在某 些实施方案中,所述生物标志物是TCF-1、LEF-1、TCF-3、TCF-4或其变异体。 在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-1或其变异体。在某些实施方案中, 所述生物标志物是LEF-1或其变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是 TCF-3或其变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4或其变异体。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4的同等型(isoform)。在某些 实施方案中,所述生物标志物是TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、 TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、 TCF-4X或其变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4A或变异体。 在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4B或变异体。在某些实施方案中, 所述生物标志物是TCF-4C或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是 TCF-4D或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4E或变异体。 在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4F或变异体。在某些实施方案中, 所述生物标志物是TCF-4G或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是 TCF-4H或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4I或变异体。 在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4J或变异体。在某些实施方案中, 所述生物标志物是TCF-4K或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是 TCF-4L或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4M或变异体。 在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4X或变异体。在某些实施方案中, 本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L。
    TCF-4同等型是与β-联蛋白和其它蛋白质组合,由WnVB-联蛋白信号传导 激活的基因的转录调节的基础。这些转录因子也调节胰岛素/IGF-l生长因子以 及Notch信号传导途径,所有这些在95%以上的乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎 病毒(HCV)相关肝细胞癌中是高活性的。本文公开的是某些TCF-4同等型调节 参与细胞增殖、细胞迁移和细胞侵袭以及细胞转化的基因,如在软琼脂中的集 落形成和在免疫缺陷裸小鼠中的肿瘤生长所测量的。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是人T-细胞因子(hTCF)或其变异体。 在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-1、hLEF-1、hTCF-3、hTCF-4或 其变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-1或其变异体。在某些 实施方案中,所述生物标志物是hLEF-1或其变异体。在某些实施方案中,所述 生物标志物是hTCF-3或其变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是 hTCF-4或其变异体。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4的同等型。在某些实施方案 中,所述生物标志物是hTCF-4A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、 hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、 hTCF-4X或其变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4A或变异 体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4B或变异体。在某些实施方 案中,所述生物标志物是hTCF-4C或变异体。在某些实施方案中,所述生物标 志物是hTCF-4D或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4E或 变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4F或变异体。在某些实 施方案中,所述生物标志物是hTCF-4G或变异体。在某些实施方案中,所述生 物标志物是hTCF-4H或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4I 或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4J或变异体。在某些 实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4K或变异体。在某些实施方案中,所述 生物标志物是hTCF-4L或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是 hTCF-4M或变异体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4X或变异体。 在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J 和hTCF-4L。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF或其变异体的mRNA。在某些 实施方案中,所述生物标志物是TCF-1、LEF-1、TCF-3、TCF-4或其变异体的 mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-1或其变异体的mRNA。 在某些实施方案中,所述生物标志物是LEF-1或其变异体的mRNA。在某些实 施方案中,所述生物标志物是TCF-3或其变异体的mRNA。在某些实施方案中, 所述生物标志物是TCF-4或其变异体的mRNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4的同等型的mRNA。在某些 实施方案中,所述生物标志物是TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、 TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、 TCF-4X或其变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4A 或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4B或变异体 的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C或变异体的mRNA。 在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4D或变异体的mRNA。在某些实 施方案中,所述生物标志物是TCF-4E或变异体的mRNA。在某些实施方案中, 所述生物标志物是TCF-4F或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标 志物是TCF-4G或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是 TCF-4H或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4I或 变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4J或变异体的 mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4K或变异体的mRNA。在 某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4L或变异体的mRNA。在某些实施方 案中,所述生物标志物是TCF-4M或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所 述生物标志物是TCF-4X或变异体的mRNA。在某些实施方案中,本文使用的 一种或多种生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的mRNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是人T-细胞因子(hTCF)或其变异体的 mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-1、hLEF-1、hTCF-3、hTCF-4 或其变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-1或其变异 体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hLEF-1或其变异体的mRNA。在某 些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-3或其变异体的mRNA。在某些实施方 案中,所述生物标志物是hTCF-4或其变异体的mRNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4的同等型的mRNA。在某 些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D 、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、 hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X或其变异体的mRNA。在某些实施方案中,所 述生物标志物是hTCF-4A或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标 志物是hTCF-4B或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是 hTCF-4C或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4D 或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4E或变异体。 在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4F或变异体的mRNA。在某些实 施方案中,所述生物标志物是hTCF-4G或变异体的mRNA。在某些实施方案中, 所述生物标志物是hTCF-4H或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物 标志物是hTCF-4I或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是 hTCF-4J或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4K 或变异体的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4L或变异体 的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4M或变异体的mRNA。 在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4X或变异体的mRNA。在某些实 施方案中,本文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J和hTCF-4L 的mRNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF或其变异体的cDNA。在某些 实施方案中,所述生物标志物是TCF-1、LEF-1、TCF-3、TCF-4或其变异体的 cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-1或其变异体的cDNA。在 某些实施方案中,所述生物标志物是LEF-1或其变异体的cDNA。在某些实施 方案中,所述生物标志物是TCF-3或其变异体的cDNA。在某些实施方案中, 所述生物标志物是TCF-4或其变异体的cDNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4的同等型的cDNA。在某些 实施方案中,所述生物标志物是TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、 TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、 TCF-4X或其变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4A 或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4B或变异体的 cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C或变异体的cDNA。在 某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4D或变异体的cDNA。在某些实施方 案中,所述生物标志物是TCF-4E或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述 生物标志物是TCF-4F或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物 是TCF-4G或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4H 或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4I或变异体的 cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4J或变异体的cDNA。在 某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4K或变异体的cDNA。在某些实施方 案中,所述生物标志物是TCF-4L或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述 生物标志物是TCF-4M或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物 是TCF-4X或变异体的cDNA。在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生物 标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的cDNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是人T-细胞因子(hTCF)或其变异体的 cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-1、hLEF-1、hTCF-3、hTCF-4 或其变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-1或其变异 体。在某些实施方案中,所述生物标志物是hLEF-1或其变异体的cDNA。在某 些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-3或其变异体的cDNA。在某些实施方 案中,所述生物标志物是hTCF-4或其变异体的cDNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4的同等型的cDNA。在某些 实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、 hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、 hTCF-4M、hTCF-4X或其变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志 物是hTCF-4A或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是 hTCF-4B或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4C 或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4D或变异体 的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4E或变异体。在某些 实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4F或变异体的cDNA。在某些实施方案 中,所述生物标志物是hTCF-4G或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述 生物标志物是hTCF-4H或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志 物是hTCF-4I或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4J 或变异体的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4K或变异体 的cDNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4L或变异体的cDNA。 在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4M或变异体的cDNA。在某些实 施方案中,所述生物标志物是hTCF-4X或变异体的cDNA。在某些实施方案中, 本文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J和hTCF-4L的cDNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4J依赖性靶基因或其产物。 TCF-4J依赖性靶基因包括但不限于编码WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、 CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、 CADM1、PLCD4和CD24的基因。这些TCF-4J靶基因中的一种或多种的组合 也可以用作生物标志物。这些TCF-4J靶基因中的一种或多种也可以任选地与 TCF-4的同等型中的任一种组合并可用作生物标志物。
    在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4C、 TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56 、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4 、CD24或其组合。在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生物标志物是 hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、 CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中,本文使用的一种或多 种生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12 、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、 MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,本 文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、 ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、 STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的 mRNA。在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4C、 TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56 、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4 、CD24或其组合的cDNA。在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生物标 志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、 CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、 MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的cDNA。
    在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4、WISP2 、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中,本文使用的 一种或多种生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或 其组合的mRNA。在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生物标志物是 TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的cDNA。
    在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生物标志物是CLDN2、ASPH 、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。在某些实施方案中,本文 使用的一种或多种生物标志物是CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中,本文使用的一种或多种生 物标志物是CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合 的cDNA。
    在某些实施方案中,本文提供的生物标志物的水平与疾病(例如肝细胞癌) 对治疗(例如用治疗化合物治疗)的反应性相关或表明疾病(例如肝细胞癌)对治疗 (例如用治疗化合物治疗)的反应性,所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、 泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异 构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶 型物。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是mRNA。在某些实施方案中,所述 生物标志物是cDNA。所述生物标志物的水平可以使用本文提供的方法来测定。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是蛋白质。当生物标志物是多肽、蛋 白质或肽时,所述生物标志物的水平可以通过测定所述生物标志物的蛋白质水 平、mRNA水平或酶促活性来测量。所述生物标志物的水平可以使用本文提供 的方法来测定。
    参考水平可以用多种方法测定。在某些实施方案中,所述参考水平是基于 患有或怀疑患有肝细胞癌的对象的生物标志物水平是否超出参考水平作出治疗 决定的一种水平。具有生物标志物水平高于参考水平的对象与具有生物标志物 水平低于参考水平的对象相比,具有对治疗的反应性的概率不同。在某些实施 方案中,参考水平与来自对象的生物样品同时进行测量。在某些实施方案中, 参考水平是预先确定的。
    在某些实施方案中,所述参考水平用来自不含有肝细胞癌细胞的同一对象 的样品测定。在某些实施方案中,所述参考水平用来自不含有肝细胞癌细胞的 一组对象的样品测定。在某些实施方案中,所述参考水平用来自不患有肝细胞 癌的一组对象的样品测定。所述生物标志物的水平增加与所述对象对用治疗化 合物治疗的反应性增加正相关,所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊 马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构 体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型 物。
    在某些实施方案中,所述对照样品是来自同一对象的不含有肝细胞癌细胞 的样品。在某些实施方案中,所述对照样品是来自同一对象的不含有肝细胞癌 细胞的肝脏细胞样品。在某些实施方案中,所述对照样品是来自一组对象的不 含有肝细胞癌细胞的样品。在某些实施方案中,所述对照样品是来自一组对象 的不含有肝细胞癌细胞的肝脏细胞样品。在某些实施方案中,所述对照样品是 来自不患有肝细胞癌的对象的样品。在某些实施方案中,所述对照样品是来自 不患有肝细胞癌的对象的肝脏细胞样品。在某些实施方案中,所述对照样品是 来自不患有肝细胞癌的一组对象的样品。在某些实施方案中,所述对照样品是 来自不患有肝细胞癌的一组对象的肝脏细胞样品。与对照样品的水平相比,所 述一种或多种生物标志物的水平增加与所述对象对用治疗化合物治疗的反应性 增加正相关,所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基 -2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接 受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
    在某些实施方案中,本文提供的生物标志物是单独测定的。在某些实施方 案中,两种或两种以上的本文提供的生物标志物是同时测定的。
    在某些实施方案中,本文提供的生物标志物核酸或多肽的水平是在来自对 象的生物样品(例如来自所述对象的含肝细胞癌细胞样品)中测定。在某些实施方 案中,用亲和性结合测定法来测量所述生物标志物多肽的水平。适用于本文提 供的方法中的亲和性结合测定法既包括可溶相测定又包括固相测定。
    可溶相亲和性结合测定的一个实例如是使用生物标志物结合剂(例如与生物 标志物多肽反应的抗体)的免疫沉淀。固相亲和性结合测定的实例包括免疫组织 化学结合测定和免疫亲和性结合测定。免疫亲和性结合测定的实例包括但不限 于免疫组织化学法、免疫印迹法、ELISA和放射性免疫测定(RIA)。
    可用于本文提供的方法中的抗体包括多克隆抗体和单克隆抗体??捎糜诒?文提供的方法中的抗体包括天然存在的抗体以及非天然存在的抗体,例如单链 抗体、嵌合抗体、双功能抗体、人源化抗体及其抗原-结合片段。
    所述生物样品可以是肝脏组织或液体例如血液、血清或尿液。在某些实施 方案中,来自对象的细胞样品是通过活组织检查获得。一旦生物标志物的水平 被确定,该数值就与该样品所来源的患者的临床数据(例如患者对给定治疗的反 应性)相关联。
    在某些实施方案中,来自对象的细胞样品是通过活组织检查获得。
    在某些实施方案中,所述生物标志物中仅一种的水平被监测。在某些实施 方案中,所述生物标志物中的两种或两种以上的水平同时被监测。
    4.3.1应用生物标志物鉴别对象进行治疗
    部分地基于以下发现:在对给定治疗(例如,用治疗化合物例如沙利度胺、 来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮 或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包 合物或多晶型物治疗)作出反应的肝细胞癌对象中观察到某些生物标志物的可检 测性增加或减少,所以这些生物标志物的水平可用于鉴别患有肝细胞癌(例如, 分化较差的HCC)的对象以用本文提供的治疗化合物进行治疗。
    在一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的 患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在另一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在某些实施方案中,所述参考水平由来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞 的样品测定。在某些实施方案中,所述参考水平由来自一组对象的含有非肝细 胞癌细胞的样品测定。
    在某些实施方案中,所述参考水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测 定。在某些实施方案中,所述参考水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进 行测定。
    在一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的 患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在另一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在某些实施方案中,所述对照样品是来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞 的样品。在某些实施方案中,所述对照样品是来自一组对象的含有非肝细胞癌 细胞的样品。
    因此,在一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出 反应的患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)测定来自所述对象的对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所 述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志 物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在另一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)测定来自所述对象的对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所 述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志 物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)测定来自所述对象的对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所 述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志 物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)测定来自所述对象的对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所 述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志 物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在某些实施方案中,对照样品中的所述生物标志物的水平与所述含有肝细 胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中,对照样品中的所述生物标志物 的水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
    在某些实施方案中,本文提供的方法是与用本文提供的治疗化合物治疗合 用,所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4- 氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶 剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
    因此,在一个实施方案中,本文提供的是治疗肝细胞癌的方法,包括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在另一个实施方案中,本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法,包 括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗肝细胞癌的方法,包括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法,包 括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生 物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗肝细胞癌的方法,包括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法,包 括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗肝细胞癌的方法,包括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法,包 括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;其中如果所述对象的所述样 品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平,那么 所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中,所述 生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在 某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、JAG1或其组合。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4-A、TCF-4B、TCF-4C、 TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、 TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组 合。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4-A、hTCF-4B、hTCF-4C、 hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、 hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12 、JAG1或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、 TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案 中,所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1 、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C、 TCF-4J、TCF-4L或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4C、 hTCF-4J、hTCF-4L或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C、 TCF-4J和TCF-4L的组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4C、 hTCF-4J、hTCF-4L的组合。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺、来 那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或 其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合 物或多晶型物治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺、来 那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或 其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合 物或多晶型物治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺治疗 作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴 别很可能会对用沙利度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴别很可能会对用来那度胺治疗 作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴 别很可能会对用来那度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴别很可能会对用泊马度胺治疗 作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴 别很可能会对用泊马度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴别很可能会对用3-(5-氨基-2-甲 基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的 盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有 肝细胞癌的对象。在某些实施方案中,所述生物标志物用于鉴别很可能会对用 3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药 学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作 出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
    4.3.2生物标志物在预测疗效中的应用
    部分地基于以下发现:在对给定治疗(例如,用治疗化合物例如沙利度胺、 来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮 或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包 合物或多晶型物治疗)作出反应的患有肝细胞癌的对象中观察到某些生物标志物 的可检测性增加或减少,所以这些生物标志物的水平可用于预测所述对象对所 述治疗的反应性。
    在一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对 治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合 物治疗的反应性增加相关。
    在另一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细 胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平; 和
    b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合 物治疗的反应性增加相关。
    在又一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象 对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合 物治疗的反应性增加相关。
    在又一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细 胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进 行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合 物治疗的反应性增加相关。
    在某些实施方案中,所述参考水平由来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞 的样品测定。在某些实施方案中,所述参考水平由来自一组对象的含有非肝细 胞癌细胞的样品测定。
    在某些实施方案中,所述参考水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测 定。在某些实施方案中,所述参考水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进 行测定。
    在某些实施方案中,与参考水平相比,所述含有肝细胞癌细胞的样品中的 所述生物标志物的水平增加,与所述对象对治疗化合物的反应性增加正相关, 所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代 -4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化 物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
    在一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对 治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平;
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的 所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增 加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在另一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细 胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平;
    b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的 所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增 加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在又一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象 对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的 所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增 加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在又一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细 胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的生物标志物的水平;
    c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平;和
    d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的 所述生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述生物标志物的水平增 加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在某些实施方案中,所述对照样品是来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞 的样品。在某些实施方案中,所述对照样品是来自一组对象的含有非肝细胞癌 细胞的样品。
    在某些实施方案中,对照样品中的所述生物标志物的水平与所述含有肝细 胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中,对照样品中的所述生物标志物 的水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
    在某些实施方案中,在与对照样品相比的比较中,所述含有肝细胞癌细胞 的样品中的所述生物标志物的水平增加,与所述对象对治疗化合物的反应性增 加正相关,所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2- 甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受 的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、 AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中,所 述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、 GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其 组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1 、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1 、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、CLDN2、ASPH、JAG1、 GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物 是hTCF、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。 在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、 GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物 是hTCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合 。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中,所述 生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在 某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、JAG1或其组合。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4-A、TCF-4B、TCF-4C、 TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、 TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、 CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是 hTCF-4-A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、 hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其 组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其 组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其 组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L或其 组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L或 其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的 组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L的 组合。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的 对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉 -3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、 共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的 肝细胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代 -4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化 物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的 对象对用沙利度胺治疗的反应性。在某些实施方案中,所述生物标志物用于预 测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的 对象对用来那度胺治疗的反应性。在某些实施方案中,所述生物标志物用于预 测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用来那度胺治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的 对象对用泊马度胺治疗的反应性。在某些实施方案中,所述生物标志物用于预 测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用泊马度胺治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的 对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构 体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型 物治疗的反应性。在某些实施方案中,所述生物标志物用于预测患有或怀疑患 有分化较差的肝细胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌 啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、 笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述生物标志物的水平是在体外试验中测量以预测对 象对肝细胞癌治疗(例如,用本文提供的治疗化合物治疗)的反应性,包括从所述 对象获得细胞样品,在治疗化合物的存在或不存在下培养所述细胞,和测试所 述细胞的所述生物标志物的水平,其中所述生物标志物的水平在所述治疗化合 物的存在下减少表明所述对象对所述治疗化合物的反应性的可能性。
    4.3.3应用mRNA作为生物标志物来鉴别对象进行治疗
    部分地基于以下发现:在对给定治疗(例如,用治疗化合物例如沙利度胺、 来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮 或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包 合物或多晶型物治疗)作出反应的患有肝细胞癌的对象中观察到某些mRNA的 可检测性增加或减少,所以,所述mRNA生物标志物的水平可用于鉴别患有肝 细胞癌(例如,分化较差的HCC)的对象以用本文提供的治疗化合物进行治疗。
    在一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的 患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标 志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对 所述治疗作出反应。
    在另一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标 志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对 所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标 志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对 所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标 志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对 所述治疗作出反应。
    在某些实施方案中,所述参考水平由来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞 的样品测定。在某些实施方案中,所述参考水平由来自一组对象的含有非肝细 胞癌细胞的样品测定。
    在某些实施方案中,所述参考水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测 定。在某些实施方案中,所述参考水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进 行测定。
    在一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的 患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中如果所述对象的 所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物 标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在另一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中如果所述对象的 所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物 标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中如果所述对象的 所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物 标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中如果所述对象的 所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物 标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在某些实施方案中,所述对照样品是来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞 的样品。在某些实施方案中,所述对照样品是来自一组对象的含有非肝细胞癌 细胞的样品。
    因此,在一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出 反应的患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)测定来自所述对象的对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中 如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的 所述mRNA生物标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在另一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)测定来自所述对象的对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中 如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的 所述mRNA生物标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)测定来自所述对象的对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中 如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的 所述mRNA生物标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在又一个实施方案中,本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应 的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)测定来自所述对象的对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中 如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的 所述mRNA生物标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
    在某些实施方案中,对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述含 有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中,对照样品中的所述mRNA 生物标志物的水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
    在某些实施方案中,本文提供的方法是与用本文提供的治疗化合物治疗合 用,所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4- 氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶 剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
    因此,在一个实施方案中,本文提供的是治疗肝细胞癌的方法,包括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标 志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对 所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在另一个实施方案中,本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法,包 括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标 志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对 所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗肝细胞癌的方法,包括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标 志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对 所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法,包 括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较;其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标 志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平,那么所述对象很可能会对 所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗肝细胞癌的方法,包括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中如果所述对象的 所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物 标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法,包 括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中如果所述对象的 所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物 标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗肝细胞癌的方法,包括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中如果所述对象的 所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物 标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在又一个实施方案中,本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法,包 括:
    (i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;其中如果所述对象的 所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物 标志物的水平,那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应;和
    (ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应 的对象。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、 AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方 案中,所述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、 CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标 志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、 ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、 CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其 组合的mRNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、CLDN2、ASPH、JAG1、 GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生 物标志物是hTCF、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或 其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4、CLDN2、 ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施 方案中,所述生物标志物是hTCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、 ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是 hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实 施方案中,所述生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、 JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4-A、TCF-4B、TCF-4C、 TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、 TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、 CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标 志物是hTCF-4-A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、 hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、 hTCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、 ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、 CD24或其组合。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、 TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、 ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、 CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4C、 hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、 GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是 TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物 标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L或其组合的mRNA。在某些实施方案 中,所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的mRNA的组合。在某些 实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L的mRNA的组 合。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度 胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6- 二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼 形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度 胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6- 二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼 形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度 胺治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中,所述mRNA生物 标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞 癌的对象。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用来那度 胺治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中,所述mRNA生物 标志物用于鉴别很可能会对用来那度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞 癌的对象。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用泊马度 胺治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中,所述mRNA生物 标志物用于鉴别很可能会对用泊马度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞 癌的对象。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用3-(5- 氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上 可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反 应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于鉴 别很可能会对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立 体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或 多晶型物治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物的水平是在从所述对象获得的 生物样品中测量。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物的水平是在体外试验中测量以 预测对象对肝细胞癌治疗的反应性,包括从所述对象获得细胞样品,在治疗化 合物的存在或不存在下培养所述细胞,和测试所述细胞的所述生物标志物的水 平,其中所述生物标志物的水平在所述治疗化合物的存在下减少表明所述对象 对所述治疗化合物的反应性的可能性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物中仅一种的水平被监测。在某 些实施方案中,所述mRNA生物标志物中的两种或两种以上的水平同时被监测。
    4.3.4mRNA作为生物标志物在预测疗效中的应用
    部分地基于以下发现:在对给定治疗(例如,用本文提供的治疗化合物例如 沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌 啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、 笼形包合物或多晶型物治疗)作出反应的患有肝细胞癌的对象中观察到某些 mRNA生物标志物的可检测性增加或减少,所以这些mRNA生物标志物的水平 可用于预测所述对象对所述治疗的反应性。
    在一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对 治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较,其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加 与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在另一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细 胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;和
    b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较,其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加 与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在又一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象 对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较,其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加 与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在又一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细 胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;和
    c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志 物的参考水平进行比较,其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加 与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在某些实施方案中,所述参考水平由来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞 的样品测定。在某些实施方案中,所述参考水平由来自一组对象的含有非肝细 胞癌细胞的样品测定。
    在某些实施方案中,所述参考水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测 定。在某些实施方案中,所述参考水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进 行测定。
    在某些实施方案中,与参考水平相比,所述含有肝细胞癌细胞的样品中的 所述mRNA生物标志物的水平增加,与所述对象对本文提供的治疗化合物的反 应性增加正相关,所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5- 氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上 可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
    在一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对 治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;
    b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;和
    c)将来自所述对象的样品中的所述mRNA生物标志物的水平与对照样品中 的所述mRNA生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述mRNA生物 标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在另一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细 胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的 水平;
    b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;和
    c)将来自所述对象的样品中的所述mRNA生物标志物的水平与对照样品中 的所述mRNA生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述mRNA生物 标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在又一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象 对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;
    c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;和
    d)将来自所述对象的样品中的所述mRNA生物标志物的水平与对照样品 中的所述mRNA生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述mRNA生 物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在又一个实施方案中,本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细 胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法,包括:
    a)从所述对象获得生物样品;
    b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平;
    c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平;和
    d)将来自所述对象的样品中的所述mRNA生物标志物的水平与对照样品 中的所述mRNA生物标志物的水平进行比较,其中所述样品中的所述mRNA生 物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
    在某些实施方案中,所述对照样品是来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞 的样品。在某些实施方案中,所述对照样品是来自一组对象的含有非肝细胞癌 细胞的样品。
    在某些实施方案中,对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述含 有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中,对照样品中的所述mRNA 生物标志物的水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
    在某些实施方案中,在与对照样品相比的比较中,所述含有肝细胞癌细胞 的样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加,与所述对象对本文提供的治疗 化合物的反应性增加正相关,所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马 度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体 或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、 AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方 案中,所述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、 CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标 志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、 ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、 CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、 CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其 组合的mRNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、CLDN2、ASPH、JAG1、 GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生 物标志物是hTCF、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或 其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4、CLDN2、 ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施 方案中,所述生物标志物是hTCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、 ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、 MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是 hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实 施方案中,所述生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、 JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4、 WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。
    在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4-A、TCF-4B、TCF-4C、 TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、 TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、 JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、 CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标 志物是hTCF-4-A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、 hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、 hTCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、 ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、 CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是TCF-4C、 TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56 、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4 、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是hTCF-4C 、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、 GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、 PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物标志物是 TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L或其组合的mRNA。在某些实施方案中,所述生物 标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L或其组合。在某些实施方案中,所述生 物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的mRNA的组合。在某些实施方案中, 所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L的mRNA的组合。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H- 喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、 水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化 较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基 -4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、 溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用沙利度胺治疗的反应性。在某些实施方案中,所述mRNA生物 标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺治疗 的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用来那度胺治疗的反应性。在某些实施方案中,所述mRNA生物 标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用来那度胺治疗 的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用泊马度胺治疗的反应性。在某些实施方案中,所述mRNA生物 标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用泊马度胺治疗 的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立 体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或 多晶型物治疗的反应性。在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测 患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹 唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水 合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物的水平是在体外试验中测量以 预测对象对用治疗化合物治疗肝细胞癌的反应性,包括从所述对象获得细胞样 品,在治疗化合物的存在或不存在下培养所述细胞,和测试所述细胞的所述 mRNA生物标志物的水平,其中所述mRNA生物标志物的水平在所述治疗化合 物的存在下减少表明所述对象对所述治疗化合物的反应性的可能性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H- 喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、 水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化 较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基 -4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、 溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用沙利度胺治疗的反应性。在某些实施方案中,所述mRNA生物 标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺治疗 的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用来那度胺治疗的反应性。在某些实施方案中,所述mRNA生物 标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用来那度胺治疗 的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用泊马度胺治疗的反应性。在某些实施方案中,所述mRNA生物 标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用泊马度胺治疗 的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细 胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立 体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或 多晶型物治疗的反应性。在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物用于预测 患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹 唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水 合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物的水平是在从所述对象获得的 生物样品中测量。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物的水平是在体外试验中测量以 预测对象对肝细胞癌治疗的反应性,包括从所述对象获得细胞样品,在治疗化 合物的存在或不存在下培养所述细胞,和测试所述细胞的所述生物标志物的水 平,其中所述生物标志物的水平在所述治疗化合物的存在下减少表明所述对象 对所述治疗化合物的反应性的可能性。
    在某些实施方案中,所述mRNA生物标志物中仅一种的水平中被监测。在 某些实施方案中,所述mRNA生物标志物中的两种或两种以上的水平同时被监 测。
    4.4治疗化合物
    在有些实施方案中,所述治疗化合物是免疫调节化合物。在一个实施方案 中,所述治疗化合物包括得自Celgene公司称为的那些免疫调节化合物。
    如本文所用的和除非另外指出,否则术语“免疫调节化合物”涵盖抑制LPS 诱导的单核细胞TNF-α、IL-1β、IL-12、IL-6、MIP-1α、MCP-1、GM-CSF、G-CSF 和COX-2产生的某些有机小分子。本文中提供了具体的免疫调节化合物。
    TNF-α是由巨噬细胞和单核细胞在急性炎症期间产生的炎症性细胞因子。 TNF-α负责细胞内多种多样的信号传导事件。虽然不受具体理论的限制,但是 由本文提供的免疫调节化合物发挥的生物学作用之一是减少骨髓样细胞TNF-α 的产生。在某些实施方案中,本文提供的免疫调节化合物增强TNF-αmRNA的 降解。
    本文提供的免疫调节化合物的实例包括但不限于取代苯乙烯的氰基和羧基 衍生物,例如在美国专利第5,929,117号中公开的那些;1-氧代-2-(2,6-二氧代-3- 氟哌啶-3-基)-异吲哚啉和1,3-二氧代-2-(2,6-二氧代-3-氟哌啶-3-基)-异吲哚啉,例 如在美国专利第5,874,448和5,955,476号中描述的那些;四取代的2-(2,6-二氧 代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉,例如在美国专利第5,798,368号中描述的那些; 1-氧代-和1,3-二氧代-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-异吲哚啉(例如,沙利度胺的4-甲 基衍生物)、取代的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)邻苯二甲酰亚胺和取代的2-(2,6-二氧 代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚,包括但不限于在美国专利第5,635,517、6,281,230、 6,316,471、6,403,613、6,476,052和6,555,554号中公开的那些;在美国专利第 6,380,239号中描述的在吲哚啉环的4-或5-位取代的1-氧代-和1,3-二氧代异吲哚 啉(例如,4-(4-氨基-1,3-二氧代异吲哚啉-2-基)-4-氨基甲?;∷?;在美国专利 第6,458,810号中描述的在2-位被2,6-二氧代-3-羟基哌啶-5-基取代的异吲哚啉-1- 酮和异吲哚啉-1,3-二酮(例如,2-(2,6-二氧代-3-羟基-5-氟哌啶-5-基)-4-氨基异吲 哚啉-1-酮);在美国专利第5,698,579和5,877,200号中公开的一类非多肽环状酰 胺类;和异吲哚-酰胺化合物,例如在美国专利申请公布号2003/0045552和 2003/0096841及国际公布号WO 02/059106中描述的那些。在本文中标识出的各 专利和专利申请公布的公开内容都通过引用其全部结合到本文中。
    本文提供的各种免疫调节化合物均含有一个或多个手性中心,并且可以作 为对映异构体的混合物(例如外消旋混合物)或非对映异构体的混合物存在。本文 提供的方法涵盖这类化合物的立体异构体纯形式及那些形式的混合物的应用。 例如,包含相等量或不等量的具体免疫调节化合物的对映异构体的混合物可用 于本文提供的方法中。这些异构体可以使用手性柱或手性拆解剂(resolving agent) 等标准技术进行不对称合成或解析。参见Jacques等人,Enantiomers,Racemates  and Resolutions(Wiley-Interscience,New York,1981);Wilen等人,Tetrahedron 33:2725(1977);Eliel,Stereochemistry of Carbon Compounds(McGraw-Hill,NY, 1962);和Wilen,Tables of Resolving Agents and Optical Resolutions,第268页 (Eliel,Ed.,Univ.of Notre Dame Press,Notre Dame,IN,1972)。
    在某些实施方案中,所述免疫调节化合物是在苯并环中被氨基取代的1-氧 代-或1,3-二氧代-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-异吲哚啉,包括在美国专利第 5,635,517号中描述的那些,其公开内容通过引用其全部结合到本文中。
    在某些实施方案中,所述免疫调节化合物具有式I的结构:

    其中X和Y中的一个为C=O,X和Y中的另一个为C=O或CH2,和R2为氢或 低级烷基,在一个实施方案中为甲基。
    在某些实施方案中,所述免疫调节化合物是:
    1-氧代-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-氨基异吲哚啉(来那度胺); 1,3-二氧代-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-氨基异吲哚啉(泊马度 胺);或
    1,3-二氧代-2-(3-甲基-2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-氨基异吲哚, 或其光学纯的异构体。所述免疫调节化合物可以通过标准的合成方法获得。参 见美国专利第5,635,517号,其公开内容通过引用其全部结合到本文中。所述免 疫调节化合物也可得自Celgene Corporation,Warren,NJ。
    在某些实施方案中,所述免疫调节化合物是来那度胺。在某些实施方案中, 所述免疫调节化合物是泊马度胺。
    在某些实施方案中,所述免疫调节化合物是取代的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)- 邻苯二甲酰亚胺或取代的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚,包括在美国专 利号6,281,230、6,316,471、6,335,349和6,476,052和国际公布号WO 98/03502 中描述的那些,所述各文献的公开内容通过引用其全部结合到本文中。
    在某些实施方案中,所述免疫调节化合物具有下式:

    其中:
    X和Y中的一个为C=O,X和Y中的另一个为C=O或CH2;
    (i)R1、R2、R3和R4中的每一个都彼此独立地为卤代(halo)、C1-4烷基或C1-4烷氧基;或者(ii)R1、R2、R3和R4中的一个为-NHR5,R1、R2、R3和R4中剩余 的为氢;
    R5为氢或C1-8烷基;
    R6为氢、C1-8烷基、苄基或卤代;
    前提条件是R6不为氢,如果X和Y均为C=O,和(i)R1、R2、R3和R4中的 每一个都为氟或(ii)R1、R2、R3或R4中的一个为氨基。
    在某些实施方案中,所述免疫调节化合物具有下式:

    其中R1为氢或甲基。
    在某些实施方案中,本文提供的方法中使用的免疫调节化合物是对映异构 体纯的(例如,光学纯的(R)-或(S)-对映异构体)。
    在另一个实施方案中,所述治疗化合物是沙利度胺,即2-(2,6-二氧代哌啶-3- 基)-1H-异吲哚-1,3(2H)-二酮。
    在其它的实施方案中,所述治疗化合物是5-取代的喹唑啉酮,包括在美国 专利第7,635,700号中描述的那些,其公开内容通过引用其全部结合到本文中。
    在某些实施方案中,所述治疗化合物是具有式IV结构的化合物:

    或其药学上可接受的盐、溶剂化物或立体异构体,其中:
    R1为:
    氢;
    卤代;
    -(CH2)nOH;
    C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代;
    C1-6烷氧基,其任选被一个或多个卤代取代;或
    -(CH2)nNHRa,其中Ra为:
    氢;
    C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代;
    -(CH2)n-(6至10元芳基);
    -C(O)-(CH2)n-(6至10元芳基)或-C(O)-(CH2)n-(5至10元杂芳
    基),其中所述芳基或杂芳基任选被一个或多个以下取
    代基取代:卤代;-SCF3;C1-6烷基,其自身任选被一个
    或多个卤代取代;或C1-6烷氧基,其自身任选被一个或
    多个卤代取代;
    -C(O)-C1-8烷基,其中所述烷基任选被一个或多个卤代取代;
    -C(O)-(CH2)n-(C3-C10-环烷基);
    -C(O)-(CH2)n-NRbRc,其中Rb和Rc各自独立地为:
    氢;
    C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代;
    C1-6烷氧基,其任选被一个或多个卤代取代;或
    6至10元芳基,其任选被一个或多个以下取代基取代:
    卤代;C1-6烷基,其自身任选被一个或多个卤代取代;
    或C1-6烷氧基,其自身任选被一个或多个卤代取代;
    -C(O)-(CH2)n-O-C1-6烷基;或
    -C(O)-(CH2)n-O-(CH2)n-(6至10元芳基);
    R2为:氢;-(CH2)nOH;苯基;-O-C1-6烷基;或C1-6烷基,其任选被一个或 多个卤代取代;
    R3为:氢;或C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代;和
    n为0、1或2。
    在某些实施方案中,所述治疗化合物是具有式V结构的化合物:

    或其药学上可接受的盐、溶剂化物或立体异构体,其中:
    R4为:氢;卤代;-(CH2)nOH;C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代; 或C1-6烷氧基,其任选被一个或多个卤代取代
    R5为:氢;-(CH2)nOH;苯基;-O-C1-6烷基;或C1-6烷基,其任选被一个或 多个卤代取代;
    R6为:氢;或C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代;和
    n为0、1或2。
    在某些实施方案中,所述治疗化合物是:


    在某些实施方案中,所述治疗化合物是式VI的化合物:

    或其药学上可接受的盐、溶剂化物或立体异构体,其中:
    Rd为:氢;
    C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代;
    -C(O)-C1-8烷基,其中所述烷基任选被一个或多个卤代取代;
    -C(O)-(CH2)n-C3-10环烷基;
    -C(O)-(CH2)n-NReRf,其中Re和Rf各自独立地为:
    氢;
    C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代;或
    C1-6烷氧基,其任选被一个或多个卤代取代;或
    -C(O)-(CH2)n-O-C1-6烷基。
    R7为:氢;-(CH2)nOH;苯基;-O-C1-6烷基;或C1-6烷基,其任选被一个或 多个卤代取代;
    R8为:氢;或C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代;和
    n为0、1或2。
    在某些实施方案中,所述治疗化合物是:


    在某些实施方案中,所述治疗化合物是3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉 -3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、 共晶体、笼形包合物或多晶型物。
    在某些实施方案中,所述治疗化合物是式VII的化合物:

    或其药学上可接受的盐、溶剂化物或立体异构体,其中:
    Rg为:-(CH2)n-(6至10元芳基);
    -C(O)-(CH2)n-(6至10元芳基)或-C(O)-(CH2)n-(5至10元杂芳基),其 中所述芳基或杂芳基任选被一个或多个以下取代基取代:卤代;
    -SCF3;(C1-C6)烷基,其自身任选被一个或多个卤代取代;或C1-6烷氧基,其自身任选被一个或多个卤代取代;
    -C(O)-(CH2)n-NHRh,其中Rh为:任选被一个或多个以下取代基取代 的6至10元芳基:卤代;其自身任选被一个或多个卤代取代的 C1-6烷基;或其自身任选被一个或多个卤代取代的C1-6烷氧基;或
    -C(O)-(CH2)n-O-(CH2)n-(6至10元芳基);
    R9为:氢;-(CH2)nOH;苯基;-O-C1-6烷基;或C1-6烷基,其任选被一个或 多个卤代取代;
    R10为:氢;或C1-6烷基,其任选被一个或多个卤代取代;和
    n为0、1或2。
    在某些实施方案中,所述治疗化合物是:


    本文描述的所有化合物都可以商购或者按照本文公开的专利或专利公布中 描述的方法制备。此外,光学纯的化合物可以使用已知的拆解试剂或手性柱以 及其它标准合成有机化学技术进行不对称合成或解析。
    本文提供的化合物可以是分子量小于约1,000g/mol的有机小分子,并且不 是蛋白质、肽、寡核苷酸、寡糖或其它大分子。
    应当指出的是,如果在描绘的结构和给出该结构的名称之间有出入,则应 该偏重于该描绘的结构。另外,如果结构或结构的一部分的立体化学没有用例 如加粗线或虚线标出,则该结构或该结构的一部分应该被解释为包括该结构的 所有立体异构体。
    4.5生物标志物水平的检测方法
    4.5.1样品中mRNA水平的检测方法
    mRNA水平的一些检测或定量方法是本领域已知的并且都适合用于本文提 供的方法以测量生物标志物的水平。示例性的方法包括但不限于RNA印迹 (northern blots)、核糖核酸酶?;な匝楹突赑CR的方法。当生物标志物是mRNA 分子时,mRNA序列或其片段可以用于制备至少有部分互补的探针。然后采用 例如基于PCR的方法、RNA印迹法(Northern blotting)或试纸条检测(dipstick  assay)等任何合适的测定法,可以用探针检测样品中的mRNA序列。
    所述测定方法可以根据所需mRNA信息的类型而变化。示例性的方法包括 但不限于RNA印迹(Northern blots)和基于PCR的方法(例如,qRT-PCR)。 qRT-PCR等方法也可以对样品中mRNA的量进行准确定量。
    任何合适的测定平台均可用于确定样品中mRNA的存在。例如,测定可以 呈试纸条(dipstick)、膜(membrane)、芯片(chip)、盘(disk)、测试条(test strip)、滤 器(filter)、微球(microsphere)、载片(slide)、多孔板(multiwell plate)或光纤(optical  fiber)的形式。测定系统可以具有其上附着有与mRNA对应的核酸的固相支持物。 所述固相支持物可包含例如塑料、硅片、金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀 物(precipitate)、凝胶、聚合物、薄片(sheet)、球、多糖、毛细管、胶片(film)、 板或载片。所述测定组件可以制备后包装在一起作为用于检测mRNA的试剂盒。
    核酸如果需要可以被标记以制作被标记的mRNA群体。一般而言,样品可 以采用本领域众所周知的方法进行标记(例如,使用DNA连接酶、末端转移酶 或通过标记RNA骨架等;参见例如Ausubel等人,Short Protocols in Molecular  Biology,第3版,Wiley&Sons 1995和Sambrook等人,Molecular Cloning:A  Laboratory Manual,第三版,2001Cold Spring Harbor,N.Y.)。在某些实施方案中, 所述样品被荧光标记物标记。示例性的荧光染料包括但不限于呫吨(xanthene)染 料、荧光素染料、罗丹明染料、异硫氰酸荧光素(FITC)、6-羧基荧光素(FAM)、 6-羧基-2',4',7',4,7-六氯荧光素(HEX)、6-羧基-4',5'-二氯-2',7'-二甲氧基荧光素(JOE 或J)、N,N,N',N'-四甲基-6-羧基罗丹明(TAMRA或T)、6-羧基-X-罗丹明(ROX或 R)、5-羧基罗丹明6G(R6G5或G5)、6-羧基罗丹明6G(R6G6或G6)和罗丹明110; 花菁染料,例如Cy3、Cy5和Cy7染料;Alexa染料,例如Alexa-fluor-555;香 豆素、二乙氨基香豆素、伞形酮;苯甲亚胺染料,例如Hoechst 33258;菲啶染 料,例如德克萨斯红(Texas red);乙锭染料;吖啶染料;咔唑染料;吩噁嗪染料; 卟啉染料;聚甲炔染料、BODIPY染料、喹啉染料、芘(pyrene)、荧光素氯三嗪 基(fluorescein chlorotriazinyl)、R110、Eosin、JOE、R6G、四甲基罗丹明、lissamine、 ROX和萘并荧光素。
    核酸可存在于固相支持物上的特定可寻址位置中;每一个位置对应于生物 标志物的mRNA序列的至少一部分。
    在某些实施方案中,mRNA测定包括以下步骤:1)获得一种或多种生物标 志物的表面-结合的探针;2)使mRNA群体与表面-结合的探针在足以提供特异性 结合的条件下杂交;(3)去除杂交步骤中未结合的核酸;和(4)检测杂交的mRNA。
    杂交可以在合适的杂交条件下进行,该条件的严格性可视需要而变化。典 型的条件是在固体表面上在互补的结合成员之间,即在表面-结合的探针和样品 中的互补mRNA之间足以产生探针/靶复合物。
    在某些实施方案中,使用严格的杂交条件。标准的杂交技术(例如,在足以 提供样品中靶mRNA与探针的特异性结合的条件下)描述于Kallioniemi等人, Science 258:818-821(1992)和WO 93/18186,所述各文献的公开内容通过引用其 全部结合到本文中。通用技术的一些指导是可获得的,例如Tijssen,Hybridization  with Nucleic Acid Probes,第I部分和第II部分(Elsevier,Amsterdam 1993)。对于 适合于原位杂交的技术的描述,参见Gall等人,Meth.Enzymol.,21:470-480(1981) ;和Angerer等人,Genetic Engineering:Principles and Methods(Setlow和 Hollaender编著),第7卷,第43-65页(Plenum Press,New York 1985)。包括温度、 盐浓度、多核苷酸浓度、杂交时间和洗涤条件的严格性在内的适当条件的选择, 取决于实验设计,包括样品来源、捕获剂的种类、预期互补性的程度等等,并 且可以作为常规实验手段由本领域普通技术人员来确定。
    在mRNA杂交程序之后,将表面结合的多核苷酸洗涤以去除未结合的核酸。 可以采用任何方便的洗涤方案进行洗涤。在某些实施方案中,洗涤条件是严格 的。然后可以采用标准技术检测靶mRNA与探针的杂交。
    4.5.2检测样品中mRNA水平的基于PCR的方法
    在某些实施方案中,使用基于PCR的方法测定生物标志物的mRNA水平。 PCR测定的实例可以在美国专利第6,927,024号中找到,其公开内容通过引用其 全部结合到本文中。RT-PCR方法的实例可以在美国专利第7,122,799号中找到, 其公开内容通过引用其全部结合到本文中。荧光原位PCR方法的实例可以在美 国专利第7,186,507号中找到,其公开内容通过引用其全部结合到本文中。
    在某些实施方案中,使用实时反转录-PCR(qRT-PCR)进行mRNA的检测和 定量(Bustin等人,Clin.Sci.,2005,109,365-379)。由qRT-PCR获得的定量结果一 般比定性数据提供更多的信息?;趒RT-PCR的方法的实例可以在美国专利第 7,101,663号中找到,其公开内容通过引用其全部结合到本文中。
    与常规反转录酶-PCR和通过琼脂糖凝胶分析相反,实时PCR给出定量结 果。实时PCR的另一个优点是相对容易和使用方便。实时PCR的仪器(例如 Applied Biosystems 7500)均是市售的。实时PCR的试剂(例如TaqMan Sequence  Detection chemistry)也是市售的。
    为了确定在与特定扩增子累积相关的荧光信号跨过阈值(称为CT)时的循环 数,例如使用7500实时PCR系统序列检测软件v1.3,并使用比较CT相对定量 计算方法,可以对数据进行分析。采用这种方法,输出(output)表示为表达水平 的倍数变化。在有些实施方案中,阈值水平可以选择以由该软件自动地确定。 在有些实施方案中,阈值水平被设定为超过基线,但是足以低到在扩增曲线的 指数生长区域之内。
    4.5.3多肽或蛋白质生物标志物的检测方法
    当生物标志物是蛋白质、多肽或肽时,一些蛋白质检测和定量方法可以用 于测量生物标志物的水平。在本文提供的方法中可以使用任何合适的蛋白质定 量方法。在某些实施方案中,使用基于抗体的方法??墒褂玫氖纠苑椒ò?但不限于免疫印迹法(蛋白质印迹(western blot))、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免 疫组织化学、流式细胞术、流式细胞术微珠阵列和质谱法。ELISA的一些类型 是常用的,包括直接ELISA、间接ELISA和夹心ELISA。
    4.6用于检测生物标志物水平的试剂盒
    在某些实施方案中,本文提供的是用于检测一种或多种生物标志物的 mRNA水平的试剂盒。在某些实施方案中,所述试剂盒包含与一种或多种生物 标志物的mRNA特异性结合的一种或多种探针。在某些实施方案中,所述试剂 盒还包含洗涤溶液。在某些实施方案中,所述试剂盒还包含进行杂交试验的试 剂、mRNA分离或纯化工具、检测工具以及阳性和阴性对照。在某些实施方案 中,所述试剂盒还包含使用该试剂盒的说明书。所述试剂盒可以定制供在家使 用、临床使用或研究使用。
    在某些实施方案中,本文提供的是用于检测一种或多种生物标志物的蛋白 质水平的试剂盒。在某些实施方案中,所述试剂盒包含用识别蛋白质生物标志 物的抗体包被的试纸条、洗涤溶液、进行该试验的试剂、蛋白质分离或纯化工 具、检测工具以及阳性和阴性对照。在某些实施方案中,所述试剂盒还包含使 用该试剂盒的说明书。所述试剂盒可以定制供在家使用、临床使用或研究使用。
    这样一种试剂盒可以采用例如试纸条、膜、芯片、盘、测试条、滤器、微 球、载片、多孔板或光纤。所述试剂盒的固相支持物可以是例如塑料、硅片、 金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀物、凝胶、聚合物、薄片、球、多糖、毛 细管、胶片、板或载片。所述生物样品可以是例如细胞培养物、细胞系、组织、 口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物液体、血液样品、尿液样品或皮肤 样品。
    5.实施例
    下面的实施例使用标准技术进行,所述标准技术对本领域技术人员来说除 了另外详细描述的以外都是众所周知的和常规的。这些实施例仅仅是用于举例 说明目的。
    5.1来那度胺对HCC细胞系中TCF-4转录因子的影响
    Focus和Hub7细胞用在DMSO中的10μM来那度胺(“LM”)或作为对照的 DMSO处理24小时。分别提取细胞核蛋白和细胞溶质蛋白,通过蛋白质印迹 (western blot)分析TCF-4的表达。使用ImageJ(NIH)对TCF-4的长短两种同等型 的核表达进行定性,并用核纤层蛋白(lamin)的表达归一化。如图1所示,在LM 治疗后,TCF-4表达(短和长两种形式)在分化较差的细胞(Focus)中减少。
    5.2来那度胺和3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮 对细胞迁移和细胞侵袭的影响
    细胞迁移试验:Focus和Hub7细胞用在DMSO中的10μM LM或作为对 照的DMSO处理24小时。使细胞在迁移室(BD Biosciences)中转移。下室装满 作为趋化剂的含有10%FBS的培养基并用8μm孔膜将上下两室分隔开。16小 时后,将上室中的剩余细胞(未迁移的细胞)去除,附着在膜底部的细胞(迁移的 细胞)用结晶紫染色后用Stereologer(SRC)在膜的10个不同视野内计数。如图2 所示,LM治疗抑制分化较差的HCC细胞系(Focus)中的细胞迁移。
    细胞侵袭试验:Focus和Hub7细胞用在DMSO中的10μM LM或作为对 照的DMSO处理24小时。使细胞在用基质胶(Matrigel)(BD Biosciences)包被的 迁移室中转移。16小时后,对附着在膜底部的侵袭性细胞染色/计数并用在相应 未包被的迁移室中的迁移性细胞数归一化。图2也显示LM治疗抑制分化较差 的HCC细胞系(Focus)中的细胞侵袭。
    在另一组实验中,LM和3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6- 二酮(“化合物A”)对HCC细胞迁移的影响使用类似于上述实验的程序作了评估, 只是使用了HAK-1A细胞系(分化良好的HCC细胞系)。如图3所示,发现LM 和化合物A不影响HAK-1A细胞系中的细胞迁移。
    在另一组实验中,LM和化合物A对HCC细胞迁移和侵袭的影响使用类似 于上述实验的程序作了评估,只是使用了HAK-1B细胞系(分化较差的HCC细 胞系)。如图4所示,发现LM和化合物A抑制分化较差的HAK-1B HCC细胞 系中的细胞迁移。另外,还发现化合物A(和LM,其程度低得多)抑制分化较差 的HAK-1AB HCC细胞系中的细胞侵袭。
    在另一组实验中,LM和化合物A对HCC细胞迁移和侵袭的影响使用类似 于上述实验的程序并使用FOCUS细胞系(分化较差的HCC细胞系)作了评估。 如图5所示,发现LM和化合物A不抑制分化较差的FOCUS HCC细胞的细胞 迁移。但是,发现LM和化合物A抑制分化较差的FOCUS HCC细胞的细胞侵 袭。
    在另一组实验中,LM和化合物A对HCC细胞迁移的影响使用伤口愈合实 验在HAK-1A细胞系(分化良好的HCC细胞系)中作了评估。使用了下列程序。
    1.细胞接种:按照纸图试样,在板(60mm)的下部表面画网格。将细胞接种 到60mm培养皿(目的是用于汇合细胞)上。
    2.划痕伤:利用尖物(绿色)制作划痕伤。伤口的位置通过画在纸上把它记下 来。从培养箱中取回SF DMEM+胰蛋白酶等分试样,吸出培养皿中的培养基/ 漂浮着的细胞。细胞用DMEM+胰蛋白酶洗涤以去除没有从伤口上完全刮离的 细胞。然后将培养皿装满4ml 10%FBS DMEM。
    3.拍照:标志物包括在图像帧的顶上,所以同一伤口面积可追踪。然后在 指定时间点对那些伤口进行拍照。结果表示为伤口闭合的百分比,作为细胞迁 移的指数,归一化至初始宽度。
    如图6所示,发现LM和化合物A不影响HAK-1A细胞系中的细胞迁移。
    在另一组实验中,LM和化合物A对HCC细胞迁移的影响使用伤口愈合实 验在FOCUS细胞系(分化较差的HCC细胞系)中作了评估。如图7所示,发现 LM和化合物A减少了分化较差的FOCUS细胞系中的细胞迁移。
    在另一组实验中,LM和化合物A对HCC细胞迁移的影响使用伤口愈合实 验在HAK-1B细胞系(分化较差的HCC细胞系)中作了评估。如图8所示,发现 是化合物A而不是LM减少了分化较差的HAK-1B细胞系中的细胞迁移。
    5.3TCF-4同等型的TCF转录活性
    将细胞(HEK 293和Huh7)用TCF—报告质粒TOPFlash和TCF-4的同等型C、 J或L和作为共激活剂的β-联蛋白共转染。用空载体(EV)作为TCF活性基础水 平的对照,用TCF-4的显性阴性形式(dn)评估被阻遏的TCF转录活性。转染后 24小时,使细胞裂解,采用萤光素酶测定系统(Promega),通过化学发光对报告 基因(萤光素酶)的表达进行定量。TCF-4同等型的转录活性见图9。
    5.4TCF-4同等型在人HCC组织中的表达谱
    在从多个个体中获得的HCC肿瘤和相应邻接未被累及的肝脏组织共20对 中,测量了TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的相对mRNA水平,其中85%(17/20) 的肿瘤与慢性HCV感染相关。通过半定量RT-PCR对三个组织学上正常的肝脏 样本作了比较。在这20对样品中,发现在4个肿瘤组织中,所有三种同等型即 TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L均被上调(图10)。在图10中,N、pT和T分别代 表正常肝脏样本、肿瘤周组织和肿瘤组织。
    在另一组实验中,在27对HBV相关HCC肿瘤和相应邻接肿瘤周(图11A) 中和在20对成对的HCV相关HCC肿瘤(图11B)中,通过RT-PCR测量了TCF-4J mRNA的水平。图11A和图11B上的右小图显示TCF-4J mRNA表达水平的平 均值。如这些图所示,发现TCF-4J在肿瘤中、尤其是在分化较差的肿瘤中显著 地被上调。
    5.5TCF-4J表达对裸小鼠中的异种移植肿瘤生长的影响
    使用HAK-1A衍生的稳定克隆进行异种移植物实验;亲代HAK-1A细胞在 裸小鼠中不形成肿瘤。过量表达TCF-4J的HAK-1A稳定克隆(J细胞)是高度致 肿瘤性的。尽管K细胞产生小肿瘤,但是它们在肿瘤细胞注射之后稍晚出现(40 天左右)并且生长非?;郝?。对照(EV)细胞不产生肿瘤。将细胞(1x106)注射到5 周龄雄性BALB/c裸小鼠(n=12)皮下。利用电子卡尺在两个正交方向测量肿瘤 大小,每周两次。当较长的直径达到了10mm时,把小鼠处死。如图12所示, TCF-4J同等型表达促进了肿瘤发生。
    5.5TCF-4J依赖性靶基因的上调
    利用Trizol从过量表达HAK-1A-J或-K的稳定细胞提取的总RNA(50ng) 用Agilent Low-Input QuickAmp标记试剂盒进行标记。在全人类基因组微阵列试 剂盒4x44k(包括五块载玻片,每片用四个高度定义44k阵列(Agilent  Technologies)格式化)中进行了全基因组表达概况分析。运用Feature Extraction 软件(Agilent)进行了数据分析,结果汇总于表1。
    表1.基因上调
    基因 比率(J/K) TCF-4J TCF-4K WISP2 9.4 1956 208 ASPH 2.4 1400 585 IRS1 3.4 286 84 MAPK12 2.9 120 41 JAG1 2.1 466 227
    在HAK-1A细胞系中TCF-4J同等型依赖性上调的靶基因一览表在图13中 提供。发现这些基因与已知在HCC致病机理中重要的三个途径即Wnt/β-联蛋白、 IRS-1和Notch信号传导有关。
    在47对人HCC肿瘤(在图14中命名为“T”)和相应邻接肿瘤周(命名为“pT”) 和三个正常肝脏组织(命名为“N”)中,通过qRT-PCR测量了靶基因的表达水平。 图14说明TCF-4J特异性靶基因的表达水平增加。
    指示在肿瘤样品中选出的10个样品的表达水平并按照经测量的TCF-4J表 达水平排序的3D柱状图在图15中提供。TCF-4J的表达水平用半定量RT-PCR 作出评价,并将数值归一化至GAPDH。用qRT-PCR评价所选基因的表达水平, 并将数值归一化至18S rRNA。如图15所示,具有高TCF-4J表达的肿瘤往往具 有更多靶基因的表达增加。
    5.7来那度胺对TCF-4同等型的影响
    HCC细胞系(Focus和Hub7)用在DMSO中的10μM LM或作为对照的 DMSO处理24小时。提取总RNA,反转录成cDNA,通过PCR扩增TCF-4同 等型。通过在凝胶上对PCR产物定性测定,分析TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L 的表达,并使用ImageJ,通过管家基因GAPDH的表达归一化。结果见图16。
    5.83-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮的细胞毒性
    做了MTS试验以评价化合物A对HCC细胞系Huh7、FOCUS、HAK-1A 和HAK-1B的毒性。将范围从1μM到100μM的不同浓度的化合物A与规定的 细胞孵育24小时或72小时。如图17所示,观察到化合物A对HCC细胞增殖 没有影响。
    5.9HAK1A-J异种移植物模型–初步研究
    使用5只动物(小鼠),在初步研究中检查了LM和化合物A在HAK1A-J异 种移植物模型中的影响。研究程序的图示说明见图18。在用药物治疗之后,通 过测量肿瘤体积,按照异种移植物评估了LM和化合物A的抗肿瘤效果。如19 图所示,与对照相比,LM和化合物A均显著地缩小了肿瘤体积。
    5.10HAK1A-J异种移植物模型
    使用50只4周龄雄性小鼠检查了LM和化合物A在HAK1A-J异种移植物 模型中的影响。研究程序的图示说明见图20。在用药物治疗之后,通过测量肿 瘤体积,按照异种移植物评估了LM和化合物A的抗肿瘤效果。如图21所示, 尽管在LM和化合物A二者治疗的小鼠中观察到肿瘤体积缩小,但是与对照或 LM治疗的小鼠相比,化合物A更显著地缩小了肿瘤体积。
    在用LM、化合物A和对照溶媒治疗的异种移植肿瘤中,通过测量TCF-4J 同等型依赖性靶基因的mRNA表达水平评价了LM和化合物A对在HAK-1A异 种移植肿瘤中TCF-4J应答性靶基因表达的影响。使用了以下程序:使用TRIzol 试剂,从肿瘤中提取总RNA,使用RT-PCR的第一链cDNA合成试剂盒(AMV) 进行反转录。使用SYBR Green PCR试剂,在Mastercycler ep realplex仪器和软 件上进行定量实时PCR。使用ΔΔCt方法进行相对定量,归一化至18S rRNA。 绘出解离曲线以评价PCR产物特异性和纯度。如图22所示,发现CLDN2、ASPH、 JAG1、GPR56、ANXA1和CAMK2N1的mRNA水平在用化合物A治疗后均降 低了。
    根据以上所述,应当理解,虽然为了说明目的,在本文中描述了多个具体 的实施方案,但是在不偏离本文提供的精神和范围的情况下,可以作出各种修 改。以上提到的所有参考文献都通过引用其全部结合到本文中。

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